Выяснилось, что спускоподъемные стрелы по нормам Котлонадзора не обеспечивали работу с ГА, шланги ВВД (воздуха высокого давления) не выдерживали давления, необходимого для зарядки баллонов аппарата при его нахождении в трюме или у борта, преобразователи ВАКС-ЗС не обеспечивали нормальную работу потребителей ГА в режиме "питание с берега", в аккумуляторной мастерской отсутствовала ванна для размещения контейнеров АБ при их зарядке, система вентиляции трюма, где размещался ГА, не обеспечивала вентиляцию отсеков аппарата, не была установлена аппарагура "Пролив", предусмотренная для обработки данных научно-исследовательской аппаратуры…
До конца июня заменили тросы спускоподъемных стрел и шланги ВВД. Режим "питание с берега" приходилось осуществлять только через подключенную аккумуляторную батарею ГА. Для вентиляции отсеков аппаратов в трюме "Рудницкого" использовалась переносная воздуходувка, обработку полученных при погружениях в море научно-исследовательских данных приходилось выполнять только на берегу, используя аппаратуру "Пролив", установленную ранее на "Коммуне". Сдаточной командой "Поиска" была изготовлена необходимая ванна для зарядки аккумуляторных контейнеров.
В течение следующего месяца продолжались работы по программе приемки СС, однако удалось провести и некоторые работы по программе швартовных испытаний ГА: 15 июля – проверку систем регенерации РУФ-25, вентиляции и газового анализа воздуха при участии ведущего конструктора отдела систем бюро В.П.Чейгина и 16 и 17 июля – контрольную вывеску и кренование ГА под наблюдением начальника сектора проектного отдела бюро В.Н.Никишина.
С 18 по 24 июля "Рудницкий" уходил на свои испытания, выгрузив "Поиск" на воду у пирса. Батарея была разряжена, питание с берега отсутствовало, включать вентиляцию не было возможности. В отсеках ГА образовалась высокая влажность и температура около 50°, приборы покрылись плесенью… А вернувшись, спасатель взял на борт "двойку" и ушел на флотские учения до 27 июля.
31 июля проверили аварийную отдачу контейнера вспомогательной аккумуляторной батареи и контейнера с твердым балластом. "Поиск" на стрелах вывели за борт СС, придали дифферент на нос 15° и отстрелили последовательно оба контейнера, которые благополучно вышли из направляющих в воду. Однако контейнер с твердым балластом оборвал страхующий трос и лег на грунт. Поднять его так и не удалось.
24 июля директор завода своим приказом объявил о начале заводских ходовых испытаний, хотя еще не полностью была выполнена программа швартовных. Всю первую половину августа СС работал по своей программе и мешал нам. Только 14 августа план-график заводских ходовых испытаний головного "Поиска", рассчитанный на пять выходов СС и 12 погружений, был согласован и утвержден флотом. Реально начать работы по программе заводских ходовых испытаний удалось только 3 сентября. До того "подбирали хвосты" по швартовным испытаниям и ожидали подходящую погоду.
3 сентября состоялся выход "Рудницкого" с погружением "Поиска-2" на 450 м для проверки движительно- рулевого комплекса, систем управления, навигации и связи. Под водой работали с 16.45 до 18.15. Программу погружения выполнили полностью. Замечания по погружению были следующими: аппарат тяжел и не удифферентован, звукоподводная связь работает неустойчиво и только на дистанции до 2 км, система автоматики имеет рассогласование в режиме стабилизации курса, низко сопротивление изоляции аккумуляторных батарей.
4 сентября проводили калибровку лагов в надводном положении аппарата – ходили параллельными галсами вдоль корпуса судна-носителя. Однако последнее, стоя на одном глубоководном якоре, от ветра постоянно разворачивалось на 5-7°, и пеленги и расстояния, замеренные теодолитным постом, установленным на ходовом мостике "Рудницкого", имели большой разброс. Работа не была зачтена.
10 сентября состоялся очередной выход "Михаила Рудницкого" и погружение ГА на 300 м для проверки звукоподводной связи, навигационного комплекса и магнитометра. Работали под водой с 15.00 до 19.25, программу погружения выполнили полностью. На ночь отошли под Ялту для постановки на якорь и зарядки аккумуляторных батарей. Утром следующего дня вернулись в полигон для работы с навигационным гидроакустическим комплексом "Экватор", движительно-рулевым комплексом, радиосвязью и постановки ГА на подводные якоря.
К 10.30 закончили подготовку ГА, катер СС поставил маяки-ответчики системы "Экватор" на глубине 250 м. На погружение, которое началось только в 13.40, кроме экипажа, пошли главный конструктор системы "Экватор" В.В.Мазуркевич, ответственный сдатчик ГА С.И.Васильев и представитель заказчика системы "Экватор".
В 14.10, на глубине 50 м, экипаж начал настройку аппаратуры, а через 43 минуты приступил к работе на глубине 230 м В течение следующего часа все попытки работать "Экватором" с хода и стопа окончились неудачей.