Генерал Лазаренко, имевший большой опыт ведения боёв в Испании и в Финляндии, а значит, военную интуицию, вступив в командование 42-й дивизией 12 мая 1941 года, уже с 15 мая трижды обращался к командованию армии с предложениями о выводе частей дивизии из Бреста и Брестской крепости и призыве из запаса 7000 лиц приписного состава. Кроме того, он неоднократно уведомлял, что дивизия недополучила материальную часть двух зенитных батарей. По его донесениям 10 из 14 танкеток неисправны. Но его никто не услышал…
Кстати, об опасности имевшегося расположения войск в предвоенный период говорил не только генерал Лазаренко. Так, начальник оперативного отдела — заместитель начальника штаба Западного фронта генерал-майор И. И. Семёнов до начала войны тоже неоднократно вносил предложения вывести части и соединения округа из мест постоянной дислокации за 10 км от государственной границы, в особенности из Бреста и других приграничных районов. В этом случае войска заняли бы оборонительные рубежи согласно плану прикрытия и могли эффективно отражать наступление немцев.
Начало Великой Отечественной войны стало для генерала Лазаренко жёсткой проверкой его как для военачальника и как человека. 9 июля 1941 года он был арестован в числе других лиц из командования Западного фронта, неудачное руководство боевыми действиями в первые дни войны которых политическое руководство страны расценило как преступное.
Как показало ознакомление с материалами архивного уголовного дела в отношении И. С. Лазаренко, предварительное следствие и судебное заседание были проведены тенденциозно, с явным обвинительным уклоном.
Согласно показаниям И. С. Лазаренко, он прибыл в расположение дивизии и вступил в управление в 4.15 22 июня 1941 года и сразу же отдал необходимые распоряжения об уничтожении секретных документов и о выводе частей дивизии из Брестской крепости и города.
В судебном заседании И. С. Лазаренко, хотя и признал себя формально виновным в инкриминируемых деяниях — п. «б» ст. 193-17, п. «б» ст. 193-20 УК РСФСР (в ред. 1926 года — халатности и сдаче неприятелю начальником вверенных ему военных сил, совершённых не в целях способствования врагу, но вопреки военным правилам), однако дал показания, фактически свидетельствующие об обратном. В частности, он пояснил, что внезапное нападение противника, нанесение им массированных ударов авиацией, сосредоточенный артиллерийский огонь, применение немцами на участке дивизии большого количества танков, а также непринятие вышестоящим командованием его предложений о выводе войск из Бреста и крепости стали причинами окружения крепости, потери в первые дни войны значительной части подчинённого личного состава, вверенного вооружения и материальных ценностей. Из-за нарушения связи между частями дивизии и связи с командованием корпуса он лично руководил боем отдельных частей дивизии, а также счёл необходимым доложить обстановку командиру корпуса и получить от него указания. Ввиду убытия в корпус находился вне расположения дивизии 1 час, выполнив в дальнейшем поставленные перед ним боевые задачи. Отступление частей происходило под натиском противника организованно.
…Пожелтевший лист приговора. 17 сентября 1941 года Военная коллегия Верховного суда СССР установила: «Лазаренко, будучи командиром дивизии, имея данные, свидетельствовавшие об активной подготовке противника к военным действиям, проявил беспечность, не держал войска в состоянии боевой готовности… В первый же момент нападения Лазаренко проявил растерянность и бездействие… Вместо решительных мер к организации отпора врагу самовольно выехал в штаб корпуса… оставив части дивизии без надлежащего руководства». И решение: «Подвергнуть высшей мере уголовного наказания — РАССТРЕЛУ. Лишить воинского звания „генерал-майор“, государственных наград. Приговор окончательный и обжалованию в кассационном порядке не подлежит».
Обвинительный приговор вынесен на основании показаний трёх бывших его подчинённых: начальника 2-го отделения штаба 42-й стрелковой дивизии в звании майора, начальника 1-го отделения штаба 42-й стрелковой дивизии и его помощника (оба в звании старших лейтенантов). В силу занимаемых должностных положений, временного нахождения вне штаба дивизии они не знали и не могли знать боевой обстановки в целом, а также о всех действиях и отданных Лазаренко приказаниях по организации обороны частями дивизии, а потому не могли дать им объективных оценок.