Сам владыка в конце 1946 г. писал Московскому Патриарху Алексию, что он покинул свой пост, «будучи недоволен временно-административной румынской властью, потому что они не давали мне материальных средств, которые я требовал, чтобы закончить строительство Успенского собора и произвести ремонт монастыря святого Пантелеимона в Одессе и чтобы оказать помощь многочисленным местным филантропическим учреждениям»[1039]
. Американский исследователь А. Далин связывает отставку митрополита с интригами губернатора Транснистрии Г. Алексяну (впоследствии казненного за военные преступления), для которого митрополит Виссарион олицетворял «прорусское направление», и группы молодого националистически настроенного румынского духовенства во главе с архимандритом Антимом (Ника)[1040].Наследником владыки Виссариона в качестве начальника Миссии и был назначен давний противник митрополита – активный сторонник румынизации архимандрит Антим. Он являлся уроженцем Бессарабии, но окончил университет в Яссах и преподавал на богословском факультете Бухарестского университета. Отзыв митрополита Виссариона неблагоприятно отразился на дальнейшем развитии церковной жизни. Теперь передача церковнославянских богослужений по румынскому радио стала проводиться гораздо реже, появились и другие ограничения для русскоязычного духовенства. После трехмесячной деятельности на посту начальника Миссии архимандрит Антим в феврале 1944 г. был хиротонисан в Бухаресте во епископа Измаильского и Транснистрийского (выбран на эту кафедру 14 января 1944 г.)[1041]
.Вследствие того, что руководство Транснистрии прочно находилось в руках Миссии, с самого начала удалось избежать церковных расколов, подобных существовавшим в рейхскомиссариате «Украина». Митрополит Виссарион внутренне ориентировался на «тихоновское» направление в Русской Церкви и литургию на церковнославянском, обновленцев, самосвятов и автокефалистов принимал в клир только после их перерукоположения.
Упоминавшийся владыка автономной Украинской Церкви архиепископ Херсонский и Николаевский Антоний (Марценко) при посредничестве митрополита Виссариона сообщил Патриарху Никодиму о самосвятстве и нарушении церковных канонов украинскими автокефалистами. В ответном письме Румынский Патриарх выразил пожелание «придти на помощь Православной Церкви и иерархам возможно скорее, сожалея о состоянии Церкви в епархиях Украины». Во время пребывания владыки Антония в Одессе летом 1943 г. ему предложили перерукоположить несколько прибывших в область самосвятских священников, чем, по утверждению архиепископа, «была положена ликвидация самосвятщины в Транснистрии». Через Патриарха Никодима архиепископ Антоний проинформировал о самосвятах Первоиерарха Православной Церкви в Польском Генерал-губернаторстве митрополита Дионисия (Валединского), но ответа не получил[1042]
.На рубеже 1943/1944 гг. в Транснистрии появились представители автокефальной Украинской Церкви. Шесть автокефальных священников из занятых советской армией областей приехали в Одессу, установили связь с Миссией и намеревались проводить в греческой церкви богослужения на украинском языке. Но Румынская духовная миссия не приняла их в свои ряды. Автокефальным священникам пришлось уехать дальше в Болгарию. Тогда же в Одессу прибыл с женой и детьми епископ автокефальной Украинской Церкви Михаил Хороший, однако Миссия не признала его даже священником и переслала прошение «владыки» на имя Патриарха Никодима на отзыв архиепископу Антонию (Марценко), который, естественно, отреагировал негативно[1043]
.Когда в начале июля 1944 г. русский профессор-богослов из Варшавы М.В. Зызыкин написал Первоиерарху РПЦЗ митрополиту Анастасию (Грибановскому) о том, что Румынская Патриархия якобы разрешила сослужение с неолипковцами (украинскими автокефалистами), владыка в ответном письме от 15 августа опроверг эти сведения и сообщил, что ему «неизвестно о перемене взгляда Румынской Православной Церкви на неолипковщину»[1044]
. 29 июня 1944 г. митрополит Анастасий также написал председателю Священного Синода Болгарской Православной Церкви митрополиту Неофиту о том, что Румынская Церковь не признает законность украинской автокефальной иерархии.