Введенная на два года новая структура военной разведки в целом себя оправдала. Поэтому в 1865 г. во время очередной реорганизации Военного министерства ее сохранили. Только теперь 3-е отделение было переименовано в 7-е военно-ученое отделение Главного штаба. Руководителем этого отделения был назначен полковник Ф. А. Фельдман. Сохранилось и 2-е азиатское отделение, получившее название «Азиатская часть». В январе 1867 г. 7-е военно-ученое отделение Главного штаба перешло в состав Совещательного комитета, который был образован для руководства «ученой» и топографической деятельностью. Однако 30 марта 1867 г. Совещательный комитет был преобразован в Военно-ученый комитет (ВУК) Главного штаба, а в нем на базе 7-го отделения создана канцелярия Военно-ученого комитета. Именно канцелярия ВУК вплоть до 1903 г являлась центральным органом российской военной разведки, первым руководителем которой стал генерал H. Н. Обручев. Что касается Азиатской части, то она осталась самостоятельным подразделением Главного штаба. В 1869 г. Азиатская часть была переименована в Азиатское делопроизводство, которым заведовал полковник А. П. Проценко
[613].В декабре 1879 г. был утвержден новый штат канцелярии Военно-ученого комитета в составе управляющего делами, пяти старших и девяти младших делопроизводителей с четким разграничением функций каждого из них. Штаты Азиатского делопроизводства в 1886 г. были увеличены с двух до пяти человек. В 1890 г. Азиатское делопроизводство было разделено на три делопроизводства. Первые два отвечали за работу азиатских военных округов, а третье занималось непосредственно разведкой за рубежом.
В июле 1900 г. изменения коснулись и самого Главного штаба, в котором были образованы оперативное и статистическое отделения, объединенные к декабрю того же года в одну структуру — генерал-квартирмейстерская часть. Эта часть включила в себя канцелярию ВУК и начала выполнять его функции. В апреле 1903 г. в соответствии с новым положением о Главном Штабе, изданным военным министром А. Н. Куропаткиным, ВУК как структурная единица был упразднен. Вместо канцелярии Военно-ученого комитета ведение разведки возлагалось на 7-е (военная статистика иностранных государств) отделение 1-го (военно-статистического) отдела Управления 2-го генерал-квартирмейстера Главного штаба. Все вышеперечисленные реорганизации были связаны с тенденцией к более узкой специализации соответствующих подразделений, требовавших профессиональной подготовки и определенного опыта от офицеров, составлявших их штат. Функции военной разведки осуществляло 7-е отделение военной статистики иностранных государств. Начальником его был назначен генерал В. П. Целебровский, руководивший до этого Военно-ученым комитетом Главного штаба. Кроме него в штат отделения входили 8 столоначальников и такое же число их помощников.
Офицеры 7-го отделения занимались сбором и обработкой информации о зарубежных странах и их вооруженных силах. Именно сюда направлялись донесения двух десятков военных агентов из 21 государства мира
[614]. Практически сразу же негласно внутри 7-го отделения выделяется Особое делопроизводство, в котором работали два офицера. Однако в 7-м отделении по-прежнему не были разделены функции по сбору информации и ее аналитической обработке. В обязанности офицеров 7-го отделения не входило также и руководство разведкой в военных округах [615].Выявившееся во время Крымской войны техническое отставание отечественного военно-морского флота активизировало деятельность военно-морской разведки. С конца 1830-х гг. она велась морскими агентами при русских посольствах за рубежом. Кроме того, для ведения разведки привлекались офицеры флота, направлявшиеся за границу для наблюдения за постройкой заказанных Россией кораблей и изучения опыта иностранных флотов. Разведку вели также русские офицеры-волонтеры на службе в экипажах военных судов зарубежных государств.
В 1903 г. в целях создания особого органа, который бы отвечал за разработку и составление планов войны на море, была произведена реорганизация Главного морского штаба. Морской ученый комитет штаба был разделен на две части: Распорядительную-учебную часть и Стратегическую. В Стратегической части было учреждено Оперативное отделение, которое, в том числе, должно было обеспечивать организацию и ведение разведки флотов иностранных государств. Периферийную разведку организовывали и вели штабы морских сил Балтийского, Черного морей и Тихоокеанского флота. С этой целью, например, использовались корабли-стационары, которые постоянно находились на стоянке в одном из иностранных портов. Суда-стационары с конца XIX в. и вплоть до начала Первой мировой войны находились в ряде портов Европы, Китая и Кореи. На Востоке, в частности, предпочтение отдавалось Шанхаю. В этом городе находился особый район, созданный для проживания иностранных подданных и не подлежащий юрисдикции местных властей, поэтому порт посещали военные корабли многих стран.