По службе разведывательное делопроизводство непосредственно подчинялось 1-му обер-квартирмейстеру (генерал-майору А. В. Алексееву, с 1909 г. — Г. Н. Данилову), а затем — генерал-квартирмейстеру. Переписка с начальником Генерального штаба и военным министром, доклады на Высочайшее имя скреплялись подписью прямых руководителей разведывательного делопроизводства. Таким образом, впервые в русской армии был создан центральный разведывательный орган, призванный руководить сбором разведывательной информации и координировать работу других разведывательных подразделений. Происходило окончательное разделение функций оперативных и обрабатывающих служб. Анализом поступающей информации стали заниматься оперативно-статистические делопроизводства частей 2-го и 3-го обер-квартирмейстеров. Каждое из десяти оперативно-статистических делопроизводств ведало определенной страной или группой стран.
Вместе с созданием центрального разведывательного органа появляются и соответствующие подразделения на местах. В течение 1906–1907 гг. создаются самостоятельные разведывательные отделения в штабах военных округов. За военными округами, а значит, и за их разведывательными отделениями, закрепляются соответствующие районы изучения. В основном, это государства, прилегавшие к пограничным военным округам, либо государства, на которые были направлены фронты, формировавшиеся в военное время на основе военных округов. Изучаемые государства окончательно были поделены к 1908 г. К этому же времени завершается формирование структуры разведки и разработка планов разведывания. Для окончательной разработки плана организации разведки и тесного взаимодействия разведывательного делопроизводства ГУГШ с разведывательными отделениями штабов военных округов в 1908 г. было принято решение провести съезд старших адъютантов разведывательных отделений штабов военных округов.
Съезд проходил с 10 по 14 июля в Киеве. Он определил, что ГУГШ
Таким образом, агентура и чины государственных организаций, привлекавшиеся к работе в разведке в различной степени, попадали практически в один разряд. В то же время каждый из таких «органов разведки» использовался для своих определенных целей. Задачи, для решения которых привлекались «негласная агентура», чины корпуса жандармов, корпуса пограничной стражи и офицеры, командированные за границу, конкретизировались в протоколах заседаний более подробно. В частности, отмечалось, что при помощи