Присутствовавший на съезде начальник разведывательного делопроизводства ГУГШ полковник Н. А. Монкевиц довел до сведения собравшихся общие планы разведывательных работ на ближайшее будущее, главный смысл которых сводился к тому, чтобы готовить разведку к условиям военного времени. Специальный параграф итоговых протоколов посвящался вопросу «мобилизации разведки». Перед разведывательными организациями ставилась задача готовить агентурную сеть на случай европейской войны, т. е. агентов, не занятых в активных операциях мирного времени. Но в основном протоколы съезда лишь фиксировали общие положения работы разведки, на которых следовало сосредоточиться каждому разведывательному отделению. Практическим же результатом «киевского съезда» стало окончательное распределение «сфер разведывания» между разведывательными отделениями и делопроизводством ГУГШ. В отличие от предварительного проекта, подготовленного к съезду в пятом (разведывательном) делопроизводстве Генерального штаба Н. А. Монкевицем, разведывательным отделениям было разрешено действовать не только в пограничной полосе, но и в столицах изучаемых государств. До этого столицы были прерогативой центрального разведывательного делопроизводства ГУГШ.
В ходе работы съезда обсуждался вопрос и о деятельности контрразведки. Было определено, что заниматься ею должны штабы военных округов (фактически те же разведывательные отделения), а в качестве исполнительных органов привлекать полицию, корпус жандармов, таможенную службу, пограничников.
Еще одним практическим результатом работы съезда стала организация в штабах военных округов «бюро по работе с прессой», по примеру Варшавского военного округа. Опыт показывал, что значительную часть разведывательной информации можно получить из открытых источников. Создание подобных бюро в других военных округах способствовало активизации военной разведки.
В 1908 г. началась реорганизация в Генеральном штабе. Существование двух почти равноправных должностей, военного министра и начальника Генерального штаба, приводило к издержкам в управлении армией. Начальник Генерального штаба был оторван от жизни армии и не имел возможности проводить необходимые мероприятия. Противостояние нарастало из-за личных трений между начальником Генерального штаба Ф. Ф. Палицыным и военным министром А. Ф. Редигером. 11 ноября 1908 г. Главное управление Генерального штаба (ГУГШ) было вновь возвращено в структуру Военного министерства. За начальником Генерального штаба было оставлено право доклада императору в особых случаях в присутствии военного министра. В декабре 1908 г. Ф. Ф. Палицын стал членом Государственного совета. На должность начальника Генерального штаба был назначен командующий войсками Киевского военного округа губернатор Киевский, Подольский и Волынский генерал от кавалерии В. А. Сухомлинов. В 1909 г. Сухомлинов становится военным министром, а 11 сентября 1910 г. им утверждается новая схема ГУГШ. Реорганизация затронула и центральный орган военной разведки.
5-е делопроизводство было преобразовано в Особое делопроизводство разведки и контрразведки, которое подчинялось теперь непосредственно генерал-квартирмейстеру. Такое переподчинение свидетельствовало о повышении статуса разведывательной службы, что соответствовало усилению роли разведки в целом. Статистические делопроизводства по-прежнему входили в части 1-го и 2-го обер-квартирмейстеров. В часть 1-го обер-квартирмейстера включались делопроизводства по изучению сил и средств в Европе: Германия — в 4-е делопроизводство; Австро-Венгрия — в 5-е; Балканские страны — в 6-е и все остальные — в 8-е делопроизводство. В Части 2-го обер-квартирмейстера сосредоточивались делопроизводства по изучению азиатских стран: 1-е делопроизводство — Туркестан; 2-е — турецко-персидское; 3-е — оперативное по Дальнему Востоку; 4-е — стратегическое по Дальнему Востоку.
В целом, несмотря на непрерывные реформы в Военном министерстве и Генеральном штабе, удалось сохранить главное — существование разведки исключительно в рамках военного ведомства. Разведывательные органы ГУГШ остались единственной централизованной структурой разведки в России начала века. По мере нарастания угрозы мировой войны правительство пошло на увеличение расходов на разведку. До Русско-японской войны на негласную разведку военному министру отпускалось всего 56 920 руб. В 1906–1909 гг. Генеральный штаб получал ежегодно на секретные расходы 344 140 руб. В 1909 г. Государственная дума утвердила закон о выделении на разведку 160 тыс. рублей ежегодно в течение трех лет, что увеличило бюджет военной разведки до полумиллиона.