В 1502 г. войско Большой Орды осталось зимовать в устье реки Сейм и около Белгорода. Иван III договорился с Менгли-Гиреем, что тот пошлет свои войска, чтобы прогнать войска Шиг-Ахмеда с этой территории. В январе 1502 г. крымский хан писал великому князю, что уже начал против Орды военные действия,
Русско-крымский союз, заключенный Иваном III и Менгли-Гиреем, просуществовал почти четверть века. Но в начале XVI столетия в отношениях двух государств наметилось охлаждение. С исчезновением общего врага — Большой Орды, этот союз терял для хана свою привлекательность. Ухудшились в начале XVI в. и отношения России с Казанью. Русское влияние осуществлялось здесь через «русскую партию», куда входили знатные татарские мурзы и князья. Этой партии противостояла «восточная партия», которая ориентировалась на Сибирское и Крымское ханство. Постоянное вмешательство России во внутренние дела Казанского ханства тяготило татарских мурз. В 1502 г. хан Мухаммед-Эмин начал тайно готовиться к войне с Москвой, чтобы освободиться от русского протектората. В сентябре 1505 г. совершенно неожиданно для Ивана III 60-тысячное татарское войско предприняло попытку осадить Нижний Новгород. Воеводе Ивану Васильевичу Хабарь-Симскому удалось отстоять город. В ответ русское правительство мобилизовало 100-тысячное войско, но дальше границы Казанского ханства оно не пошло. В 1505 г. Иван III умер.
Весной 1506 г. великий князь Василий III (1505–1533) сформировал новую армию для похода на Казань. Формально ее возглавлял брат великого князя Дмитрий Иванович, но фактически ею руководили князья Федор Иванович Вельский и Александр Владимирович Ростовский. 22 мая 1506 г. русская пехота высадилась с ладей под Казанью и без всякой разведки, «с небрежением», направилась к городу. Тем временем, татары