Специального аппарата, содержащегося за счет государственного казначейства, думские фракции не имели. Из-за небольшой площади Таврического дворца фракции не получали даже постоянных помещений и могли заседать в различных комнатах в очередь с думскими комиссиями. Если позволяли средства, фракции тоже содержали аппарат за счет своих средств, обычно он был небольшим и осуществлял чисто технические функции. Так, фракция Союза 17 октября Третьей Думы, 154 депутата, подавляющее большинство которых были людьми состоятельными, образовала в ноябре 1907 г. канцелярию из 6 служащих: секретаря фракции, его помощника, 2 переписчиц и 2 рассыльных. У прочих фракций аппарат был меньше.
Наряду с постоянным аппаратом фракции пользовались услугами различных экспертов, которые могли составлять тексты предложений, собирать материал, разрабатывать различные проекты.
Думские фракции контактировали с местными организациями своих партий, а также с другими идеологически и политически близкими структурами и социальными слоями (октябристы — с земствами, большевики — с петербургскими рабочими).
Большинство думских фракций прямо не зависело от центральных партийных органов. Исключение составляли фракции кадетов (Партии народной свободы) и Российской социал-демократической рабочей партии (во Второй Думе также и партии социалистов-революционеров), многие из членов которых были обязаны депутатскими мандатами не собственному влиянию (как большинство членов Думы), а партийной принадлежности.
Фракции заявляли о своем образовании совещанию Думы, которое регистрировало эти заявления. Начиная со Второй Думы сведения о фракциях стали публиковаться в официальных справочниках Государственной Думы.
Все фракции были представлены в Совете старейшин палаты. По фракциям депутаты садились в зале заседаний. Как уже указывалось, по фракциям избирались думские комиссии; для того чтобы иметь в них представительство, фракция должна была включать не менее 10 членов. Фракции обсуждали важнейшие законопроекты (до их рассмотрения думскими комиссиями) и другие вопросы, вносили поправки и формулы перехода.
Обязательность решений фракций для их членов была различной в разных фракциях. У РСДРП, кадетов, а также во фракциях, противостоящих думскому большинству (трудовая группа Третьей и Четвертой Дум, фракция правых), существовала достаточно жесткая дисциплина, в других же члены фракций голосовали как угодно, по совести. Установление в них обязательного голосования было практически невозможным. Например, так называемая «конституция» фракции Союза 17 октября требовала, чтобы постановление об обязательности голосования принималось тремя четвертями голосов (при кворуме 60 человек). Но и в случае принятия этого постановления несогласные с ним могли при голосовании в Думе воздержаться.
Многие фракции были неустойчивыми идеологически, организационно и часто распадались. Многие депутаты нередко переходили из одной фракции в другую в одну сессию.
В Государственной Думе никогда не было, как уже отмечалось, стойкого однопартийного большинства, что вызывало необходимость взаимодействия фракций и создания блоков. Фракции могли устраивать совместные заседания или согласовывать свои действия путем переговоров лидеров. Могли создаваться информационные бюро. Межфракционные блоки, как правило, были недолговечны. Единственное устойчивое объединение такого рода, Прогрессивный блок, включающий 5–6 фракций и большинство депутатов, существовал в Четвертой Думе с 1915 г.
В Думе, отмечали современники, были очень сильны тенденции иной группировки, кроме политических партий. Претендовали постоянно на особое для них представительство крестьяне, священники… Все время действовало полувлиятельное думское «масонство» (Милюков, Маклаков, Керенский и др.). Существовавшие в Третьей и Четвертой Думах группы крестьян и священников объединяли депутатов соответствующих сословий, состоящих в различных фракциях. Эти группы не регистрировались и не имели особого представительства в Совете старейшин и думских комиссиях, однако обладали определенной дисциплиной и иногда солидарно голосовали против мнения своих фракций. Крестьянская группа пользовалась определенным влиянием и порой проводила через Думу свои законопроекты. В Четвертой Думе существовала казачья группа (в мае 1914 г. включала 15 членов, в основном кадетов и прогрессистов). Она имела своего председателя и была зарегистрирована.
Имелись также объединения депутатов, интересующихся какой-либо отраслью законодательной деятельности. В ноябре 1907 г. возникло совещание членов Государственной Думы, интересующихся работами обеих палат в области промышленности, торговли и финансов. В Четвертой Думе существовали городская группа и земская группа. Эти объединения имели должностных лиц и регистрировались. Прогрессивный блок был практически созданием «думского масонства».