В начале 1993 года кулябские боевики, ставшие правительственными войсками, изгнали из долины Вакша каратегинцев. Попытки боевиков оппозиции остановить наступление правительственных войск не увенчались успехом — граница была перекрыта российскими пограничниками, блокировавшими афганских моджахедов. К тому времени на афганской территории было создано около 30 тренировочных центров, а в Кундузе, Файзабаде и Талукане расположилось главное командование вооруженных сил и региональные командования южного и северо-восточного направлений Движения исламского возрождения Таджикистана.
К марту 1993 года Афганистан фактически оказался поделенным надвое: юг с преобладанием пуштунов - под властью Г.Хекматиара, север — у Б.Раббани и А.Р.Дустома. В 1993 году Масуд чуть было не погиб, когда его вертолет обстреляли ракетами из ПЗРК оппозиционные силы. В том же году Масудом был организован культурный фонд им. Мухаммада Газали, оказывавший также социальную поддержку и помощь населению.
Прекрасно понимая, что им не удастся вести борьбу на два фронта, Раббани и Ахмад Шах посетили Таджикистан, где встретились с председателем Верховного Совета республики И.Рахмоновым и лидером объединенной таджикской оппозиции С.А.Нури и предприняли шаги по примирению воюющих сторон, а также свертыванию инфраструктуры вооруженной таджикской оппозиции на афганской территории. Реально оценив обстановку, Ахмад Шах повел линию на сближение с Россией. Тогда же были установлены контакты с российскими представителями. По согласованию с ними Ахмад Шах принял конкретные меры по устранению наиболее экстремистски настроенных лиц, находившихся в окружении и Рахмонова, и Нури, а также ликвидации наиболее непримиримых полевых командиров таджикской оппозиции, в частности Резвона.