Основы для создания ИДТ были заложены, когда в плане противодействия влиянию СССР в Афганистане еще в конце 80-х годов спецслужбы Пакистана и США, мало полагаясь на лидеров моджахедов, с помощью своей агентуры в ООН в лагерях афганских беженцев на территории Исламской Республики Пакистан провели учет и отбор военных и гражданских специалистов, необходимых для организации административных и силовых государственных структур. В это же время была организована подготовка вооруженных групп и отрядов пуштунов при помощи пакистанских и арабских военных инструкторов, которая финансировалась спецслужбами Управления межведомственной разведки (УМР) и проправительственными пакистанскими религиозными организациями «Джамаат-э-ислами» и «Джамаат-э-улема-э-Пакистан», спецслужбами США, пакистанскими и международными фундаменталистскими организациями. Идея сменить вывеску для объединения афганских племен и прекращения войны с использованием движения послушников медресе принадлежит ЦРУ, финансируется шейхами, а оружием обеспечивается из Пакистана.
Большую часть медресе в Пакистане, из которых вышли талибы, финансирует Саудовская Аравия и другие монархии Персидского залива. После исламской революции в Иране, и особенно ирано-иракской войны, нефтяные шейхи усилили финансовую поддержку оппозиции в Афганистане. Саудовцы развернули сеть медресе. Постепенно количество религиозных школ-медресе на пакистанской территории перевалило за 8 тысяч, а число учащихся составило более 200 тысяч пуштунских юношей. Эти учебные заведения, где одной из обязательных дисциплин является владение оружием, стали кузницей кадров талибов.
С 1994 года руководство ИРП, используя выгодную ситуацию, сложившуюся в результате дестабилизации социально-политической обстановки на территории бывшего СССР, активизировало деятельность по усилению влияния на центрально-азиатские государства СНГ и укреплению с этой целью более тесных политических и экономических связей с ними. При содействии УМР и МВД Пакистана из числа 3 тысяч студентов религиозных учебных заведений (медресе) пуштунской национальности Северо-Западной пограничной провинции Пакистана в летний период 1994 года была сформирована военизированная группировка во главе с одним из афганских духовных лидеров муллой Сейд Мухаммад Омаром (Ахунзада), которая получила название Исламское движение Талибан.