Несмотря на массированное применение десантов, одновременное стремительное продвижение советских и афганских войск вдоль долины, успешные действия авиации и непрерывное огневое воздействие артиллерии, моджахеды Ахмад Шаха продолжали оказывать упорное сопротивление. Их поддерживали местные жители. Мятежники сосредоточили основные усилия на удержании господствующих высот, идущих параллельно Панджшеру, а также высот при входе в ущелья, примыкающие к долине. Ахмад Шах умело руководил действиями своих отрядов, своевременно маневрируя и выводя их из-под ударов советских войск.
Вся долина была грамотно подготовлена в инженерном отношении — в скалах оборудованы позиции для огневых средств и групп мятежников, созданы узлы сопротивления и многоярусная оборона с искусно организованной системой огня. Все расщелины скал, пещеры, трещины гор, норы, высоты имели позиции для горных зенитных установок, крупнокалиберных пулеметов. Между высотами были созданы отсечные позиции, которые в ходе боя занимались подходящими и отходящими небольшими по численности отрядами. В верховьях ущелий были тайники, норы, пещеры, которые использовались для укрытия населения и отходящих групп боевиков, там же были склады оружия, боеприпасов, продовольствия. Кишлаки в долине, за некоторым исключением, к обороне не готовились, а чтобы избежать их разрушения, были покинуты населением.
Особенно искусно была организована система ПВО, которая состояла из более чем 120 пулеметов ДШК, расположенных по всей глубине Панджшера. По мере продвижения наших войск и разрушения всей созданной оборонительной системы характер действий противника постоянно изменялся. От позиционных действий моджахеды переходили к маневренным. Оставляя для прикрытия своего отхода незначительные группы на выходных позициях, они главными силами маневрировали в глубине с целью выхода во фланг нашим подразделениям и создания эшелонированной по глубине многоярусной обороны.