Вернувшись в Александрию, Птолемей казнил собственную дочь Беренику за то, что она посмела взять власть после его бегства. Но еще важнее для него было удовлетворить своих римских покровителей. Необходимость выплатить огромные суммы, например, Габинию, привели к резкому увеличению налогового бремени на египетское население и к всеобщему расстройству финансов. Чтобы выйти из этого положения, Птолемей назначил на какое-то время диойкетом, т. е. высшим чиновником, распоряжавшимся финансами, римлянина Гая Рабирия Постума, друга Габиния. Рабирий недолго управлял египетскими финансами, ибо вскоре царь бросил его в тюрьму. Рабирий сумел бежать в Рим, где был обвинен в финансовых злоупотреблениях, но был оправдан благодаря красноречию Цицерона.
Птолемей XII умер в марте 51 г. до н. э., оставив завещание, по которому царская власть передавалась его сыну, десятилетнему Птолемею XIII, и дочери, семнадцатилетней Клеопатре, а Рим он просил гарантировать выполнение этого завещания. Поскольку оба новых правителя были весьма молоды, было ясно, что реальная власть окажется в руках той или иной придворной клики. Естественно, что эти клики группировались вокруг или брата, или сестры. Правда, сначала Птолемей и Клеопатра (точнее, их сторонники) правили совместно. Но положение в Египте ухудшалось. Жестокая засуха опустошила египетские поля. Сторонники Птолемея, особенно евнух Потин, занявший пост диойкета, занимавшегося всеми хозяйственными проблемами, и стратег Ахилл, настраивали александрийцев против Клеопатры, обвиняя ее в тяжелом положении страны. И Клеопатра не выдержала. Она бежала из Александрии. Вся власть в стране фактически оказалась в руках Потина и Ахилла.
В этой обстановке к берегам Египта прибыл Помпей после поражения у Фарсала. Он, как говорилось выше, рассчитывал, что сын Птолемея Авлета, обязанного ему возвращением на трон, не только даст приют, но и поможет ему собрать новые силы для продолжения борьбы с Цезарем. Но египетские правители прекрасно понимали, что вслед за Помпеем в Александрию прибудет Цезарь, который сможет воспользоваться помощью Помпею как предлогом для вмешательства в египетские дела. А этого они совершенно не желали. Поэтому, как уже рассказывалось в биографии Помпея, отказав ему в высадке на берег со всеми сопровождающими, включая его семью, они заманили его одного в лодку. А на пути Помпей был коварно убит ударом кинжала в спину. Корабль, на котором Помпей прибыл в Египет, тотчас вышел из александрийской гавани и направился в Африку, где собирались сторонники погибшего полководца.
Предвидение не обмануло правителей Египта. Вскоре вслед за Помпеем в Александрию прибыл и Цезарь. И ему была преподнесена голова убитого Помпея. Цезарь оплакал своего бывшего друга и родственника, и нынешнего врага, а сам, вопреки ожиданиям Потина и его правительства, остался в Александрии. Более того, он даже потребовал вернуть часть того огромного долга, который еще Птолемей XII был должен Риму. Потин попытался всяческими способами выжить Цезаря из Александрии, что, разумеется, не улучшило его отношения с римским полководцем. И Цезарь решил вмешаться в междоусобную борьбу в Египте. Было ясно, что тот, на чью сторону встанет Цезарь, будет иметь больше шансов на победу, в результате которой Рим станет окончательно полновластным хозяином в стране. С этой точки зрения Цезарю было абсолютно безразлично, на чью сторону встать. Но дело решил чисто субъективный фактор. Во дворец, в котором жил Цезарь, тайком проникла Клеопатра. Цезарь был очарован ею и влюбился в юную царицу. И эта любовь, и недоброжелательная позиция Потина заставили Цезаря сделать свой выбор. Он выступил на стороне Клеопатры. Потин призвал себе на помощь Ахилла, стоявшего с войсками на египетской границе, а также александрийцев, не любивших Клеопатру. В городе начались уличные бои, которые после прибытия к Цезарю подкреплений закончились в 47 г. до н. э. победой Цезаря и Клеопатры. В ходе этой войны погибли и Потин, и Ахилл, и Птолемей XIII, а младшая сестра Клеопатры Арсиноя, участвовавшая в войне на стороне противников Цезаря, была уведена в плен в Рим и позже проведена в триумфальном шествии Цезаря. Поскольку официально одна женщина править в Египте не может, престол был передан не только Клеопатре, но и ее еще более младшему брату Птолемею XIV. Реально власть в Египте перешла к одной Клеопатре, которая через несколько недель после отъезда Цезаря родила ему сына, названного Птолемеем Цезарем, или Цезарионом. Ее власть поддерживали четыре римских легиона, оставленных в Египте и фактически оккупировавших страну.