Вопрос о том, что отличает Душу от Ума, сопряженный с вопросом о ее происхождении, ведет к серьезнейшим затруднениям. Как мы только что видели, если Ум есть "единое и многое", то Душа есть "многое и единое". В Уме всякое познание единовременно и непосредственно, тогда как в Душе есть движение, переход (metabasis/μετάβασις) от одного элемента к другому, поскольку рассуждение идет от посылки к заключению. Ум характеризуется вечностью, тогда как Душа оказывается связанной со временем, возникающим вместе с Душой, - ситуация парадоксальная, ведь Душа, подобно Уму, есть вечная реальность. Душа содержит в последовательном и разделенном виде все, что одновременно и слитно пребывает в Уме. Плотин выражает это, говоря о logoi, которые в Душе равнозначны идеям; иными словами, logoi - это идеи на уровне Души. Душа находится в причинной зависимости от Ума, ибо Единое порождает Душу через посредство Ума; а следствие всегда отлично от причины. Ум, некоторым образом ответственный за порождение чувственного мира, не может быть ответствен за деятельность Души в чувственном мире.
На этом уровне речь идет уже не о Душе, а о душах, обретающихся в чувственном мире, - мировой душе и душах отдельных существ. Ибо, хотя Плотин и настаивает на единстве души, мировая душа и души отдельных существ не являются частями Души, пребывающей над ними. Эти души суть лишь отражения Души. Мировая душа отличается от души отдельного существа постольку, поскольку тело, которое она одухотворяет, неразрушимо, а сама она не затронута нестроениями, тревожащими душу отдельного человеческого существа и даже души животных; Плотина, верившего в метемпсихоз, должна была интересовать и судьба этих низших душ.
Кроме того, относительно души Плотин придерживается мнения, о котором сам отзывается как о "парадоксальном". Некая часть человеческой души существует в божественном измерении умопостигаемых реальностей, и только эта часть души вовлечена в процесс перевоплощения. Значит, душа человека связана с его телом лишь одной своей частью. При таком понимании души трудно объяснить, почему и каким образом она нисходит в подлунный мир. Это положение приводит к мысли, что существует какая-то посредствующая часть между двумя крайними частями души; ее предназначение - не только разрешать противоречия между телом и душой, но и обеспечивать возможность познания идей, поскольку именно посредствующая часть осознает то, что высшая часть созерцает вечно. Эта посредствующая часть есть самосознание.
С этим положением связаны также проблемы, касающиеся движения души, ее бессмертия, ее очищения через добродетели, ее мистической жизни, суть которой - в совпадении эмпирического
В вопросе о единстве души и тела Плотин сочетает платоновскую позицию с позицией аристотелевской, возможно, через посредство Александра Афродисийского. Будучи платоником, Плотин убежден, что душа обособлена от тела, она выше его и должна пользоваться им как орудием. Изучив возможные варианты отношений между ними, Плотин в пространном трактате