Ввиду этого Эпаминонд решил создать флот. Условия, необходимые для осуществления этого плана, были, казалось, налицо, ибо, хотя Беотия до сих пор никогда не принимала видного участия в греческой морской торговле и, следовательно, не имела ни одного крупного портового города, но она владела обширными и очень расчлененными побережьями у Эврипа и у Коринфского залива, да и Эвбея находилась теперь в зависимости от Беотии. Притом, Беотия уже во время Пелопоннесской войны начала организовывать военный флот и после вступления Фив в Аттический морской союз снова принялась за это дело. Теперь по настоянию Эпаминонда было построено 100 триер, и он сам отправился с этим флотом в Геллеспонт (364 г.). Византия тотчас отпала от Афин и заключила союз с Фивами; Хиос и Родос, оба могущественнейших члена Аттического морского союза, вступили в сношения с Эпаминондом, — даже остров Кеос, лежащий у аттического берега, счел эту минуту благоприятной для восстания против Афин. Здесь, правда, Хабрий вскоре восстановил порядок; в общем же афиняне ограничились тем, что выслали под начальством Лахеса эскадру для наблюдения за Эпаминондом, но вступить с ним в сражение не решились. Эпаминонд также избегал нападений на собственно афинские земли и вскоре вернулся домой; он мог быть доволен пробным плаванием своего молодого флота. Однако тем великим надеждам, которые он связывал с созданием беотийского флота, не суждено было осуществиться, потому что вскоре наступили события, отвлекшие силы Фив совсем в другую сторону, а когда затем Эпаминонд пал при Мантинее, с ним сошли в гроб и его грандиозные планы. Оказалось, что Беотия все-таки была не в силах долгое время нести то финансовое бремя, какое налагало на страну содержание большого флота; таким образом, это первое морское предприятие Фив осталось вместе с тем и последним.
Между тем в Фессалии Александр Ферский снова усилил свою власть. Опираясь на сильное наемное войско, он установил в своей стране террористическое правление; так, однажды, заподозрив верность граждан Скотуссы, он велел созвать их в театр на собрание и здесь приказал своим солдатам перерезать их. Фессалийский союз, который более не мог собственными силами защищаться против своего агрессивного соседа, призвал в посредники Фивы, и в середине лета 364 г. Пелопид снова двинулся на север. Александр ожидал врага на сильной позиции на высотах Киноскефал между Скотуссою и Ферами, на том самом поле битвы, где спустя два столетия погибла эллинская свобода. После жестокой сечи войска Пелопида приступом взяли неприятельскую позицию; но победа была куплена дорогою ценой: фиванский полководец пал в битве. В следующем году беотийцы прислали в Фессалию новое войско; Александр был вторично разбит и принужден заключить мир, по которому уступил все свои владения, кроме самих Фер и Магнесии, и обязался Беотии военной помощью. Таким образом, в эту минуту вся Фессалия признавала над собою верховную власть Фив.
Смерть Пелопида должна была произвести в Беотии глубокое впечатление. Кажется, что в Орхомене, втором городе страны, начали обнаруживаться сепаратистские стремления; во всяком случае фиванское правительство опасалось восстания и решило предупредить его. Прежде всего на смотре беотийской конницы были захвачены орхоменские всадники и по постановлению Фиванского народного собрания казнены, по обвинению в том, что они, совместно с фиванскими изгнанниками, составили заговор, направленный к ниспровержению господствующей демократии. Затем беотийское союзное войско двинулось против Орхомена, который, будучи предоставлен собственным силам, не мог справиться с могущественным врагом и вскоре должен был открыть ворота. Древний город минийцев был разрушен, граждане его, как изменники, казнены, женщины и дети проданы в рабство. Крик негодования пронесся по всему греческому миру при известии об этих событиях; по преданию, и Эпаминонд осудил это варварство, когда по возвращении из морского похода узнал о нем. Оно не принесло пользы Фивам, потому что Орхомен вскоре возродился из пепла; а позднее оно было сторицей взыскано с потомков тех фиванцев, которые совершили его.