Тем временем персидский военачальник Гимей, действовавший против восставших в районе Пропонтиды, захватил город Киос. Узнав о том, что Даврис увел войска в Карию, решил закончить дело, начатое товарищем, и прибыл с армией к Геллеспонту. Действуя быстро и решительно, Гимей захватил все эолийские города в Троаде, однако дальнейшее наступление персов приостановилось, поскольку командующий неожиданно заболел и умер. Получилось, что до поры до времени ионийцам и эолийцам с севера и юга ничего не угрожало.
В это время в Сардах приняли важное стратегическое решение. Артафрен и командующий войсками на западе Анатолии Отан пришли к выводу о том, что необходимо нанести удар непосредственно по Ионической Греции. Персы повели атаку на города малоазийских эллинов и захватили в Эолии Киму, а в Ионии Клазомены. Для восставших ситуация в регионе резко обострилась.
Первым, кто это понял, был Аристагор. Авантюрист никогда не отличался ни личной храбростью, ни познаниями в военном деле. Неудачи смутили его, и «
Аристагор настоял на том, что необходимо отправиться в Миркин. Он исходил из того, что владения Гистиея могут стать той базой, опираясь на которую, милетяне смогут расширить свое влияние в регионе. Гистией к любому делу, за которое брался, подходил основательно и старался довести до конца. Зная эту черту характера тестя, Аристагор не сомневался, что его люди первое время ни в чем не будут испытывать нужды. Понимая, что собственных сил может и не хватить для такого масштабного мероприятия, Аристагор обратился к гражданам Милет с призывом последовать за ним. Он стал набирать добровольцев, прикрываясь словами о том, собирается создать в Миркине базу для продолжения войны с персами. Ему поверили, и вскоре корабли, набитые войсками, вышли из Львиной гавани Милета, взяв курс на север.
Но все закончилось не так, как планировал Аристагор. Окопавшись в Миркине, он стал совершать походы на города и селения фракийцев, расположенные по соседству. Во время одной из осад Аристагор вступил в переговоры с фракийским военачальником, который пообещал сдать город, но взамен потребовал свободный выход для своих воинов. Причем с оружием в руках. Воинские таланты никогда не были сильной стороной милетянина и когда фракийцы стали выходить за городские укрепления, он не принял никаких мер предосторожности. За что и поплатился. По условному сигналу фракийцы внезапно атаковали эллинов и перебили весь отряд. Погиб и Аристагор. Так бесславно закончился жизненный путь человека, поднявшего на восстание Ионическую Грецию, но не сумевшего справиться с ролью лидера повстанцев.
Оставался Гистией. Бывший тиран Милета как раз прибыл в Сарды, хотя по идее должен был бежать в Милет и возглавить борьбу против персов. Но, как оказалось, у Гистиея были свои резоны. Можно предположить, что после того, как по приказанию Дария был убит сатрап Сард Орет (тот самый, что расправился с Поликратом), в городе остались люди, некогда находившиеся у него на службе. У них не было никаких оснований испытывать теплые чувства к Дарию и его родственникам, наоборот, присутствовало желание отомстить за своего господина. С помощью этих персов Гистией задумал расправиться с Артафреном и его окружением, а затем, воспользовавшись сумятицей, захватить Сарды. План был хорош, только для того, чтобы привести его в исполнение, требовалось скоординировать действия малоазийских эллинов и персов-заговорщиков.
Прибыв в Сарды, Гистией пошел навестить Артафрена, однако разговор между ними изначально не задался. Сатрап прямо спросил эллина: почему восстали малоазийские греки и жители Милета, в частности? Гистией только руками развел и сказал, что ничего об этом не знает, поскольку находился очень далеко от места событий, в Сузах. Артафрен мило улыбнулся в ответ: «