В преддверии грозных событий представители ионийских городов собрались в Панионии. Решали, что делать в сложившейся ситуации. Все понимали, что в сухопутном сражении против персов у эллинов нет никаких шансов, слишком велико численное превосходство врага. Поэтому было принято решение оставить войска в городах и положиться на неприступность крепостных стен и храбрость греческих воинов. Таким образом, Милет должен был в одиночку противостоять всей персидской армии. Но пока на море господствовал флот малоазийских эллинов, шансы захватить город у персов были невелики. Однако это понимали и Артафрен с Отаном, недаром они собрали огромную армаду, насчитывавшую до 600 боевых кораблей. Если Милет будет окружен со стороны суши и моря, то его падение станет лишь вопросом времени.
Исходя из стратегической обстановки, греческие военачальники приняли решение собрать все корабли и отправить их на защиту Милета. Главную ставку они делали на победу в морском сражении. Геродот приводит подробный состав флота малоазийских эллинов: «
Сегодня острова Лада как такового нет. Остался только большой, заросший растительностью холм к западу от развалин Милета, который при желании можно обойти пешком. Там, где раньше плескались волны Латмийского залива и боевые корабли сходились в яростных схватках, теперь зеленеют поля, с которых местные жители собирают урожай. Море ушло. Если взобраться на самый верх исполинского каменного театра, построенного в римскую эпоху, то остров Лада будет виден как на ладони. Глядя на эти холмы, никому и в голову не придет, что именно здесь решилась судьба Ионийского восстания, когда в решающей битве встретились флоты державы Ахеменидов и малоазийских эллинов.
Персидская армия под командованием Отана подошла к Милету. Царский флот также появился у города, однако военачальники, увидев множество кораблей эллинов, испугались и от греха подальше отплыли прочь. Удивительно, но, обладая значительным численным перевесом, персы не рискнули вступить в бой с греками. Ионийцы славились как непревзойденные мореходы, и флотоводцы Дария не хотели рисковать своими кораблями. Количество не всегда торжествует над качеством.
Тогда Отан пошел другим путем. Вместе с персидскими войсками в Ионическую Грецию вернулись тираны, некогда изгнанные Аристагором из своих городов. Вот к ним и обратился полководец, потребовав наладить контакты с соотечественниками, приплывшими к острову Лада. Тем, кто покинет ряды восставших, Отан гарантировал полное прощение от имени царя. В случае неповиновения командующий грозил эллинам самыми страшными карами. Тираны отправили лазутчиков к своим землякам, но неожиданно получили отказ. Дело в том, что те из ионийских стратегов, к кому пришли посланцы от тиранов, подумали, что персы решили склонить к предательству только его одного. Поэтому и отказались изменить общему делу. Но слухи по флоту поползли, и эллинские военачальники спешно собрались на военный совет.
Слово взял Дионисий, стратег фокейцев. Вкратце обрисовав сложившуюся ситуацию, он указал соратникам на то, что победа в битве зависит только от них самих. Поэтому он предлагает начать усиленно тренировать экипажи кораблей, чтобы в решающем сражении флот восставших действовал слаженно и организованно, противопоставив численному превосходству врага дисциплину и воинское мастерство. Присутствующие воодушевились призывом Дионисия и согласились подчиняться его приказам.