После разгрома объединенного флота восставших у острова Лада падение Милета стало вопросом времени. О том, как происходила осада города, информации практически не сохранилось. Геродот не стал распространяться на эту тему, ограничившись буквально одной фразой: «
Пленников отвели в Сузы, к Дарию. Но царь не стал свирепствовать над эллинами, он вообще никогда не был замечен в бессмысленной жестокости. Поэтому уцелевших жителей Милета поселили в городе Ампе на берегу Персидского залива, там, где в него впадала река Тигр. Храм Аполлона в Дидиме персы разграбили и сожгли, а принадлежащие Милету горные области передали правителям Карии. Милет завоеватели сравняли с землей, от этого погрома величайший город Восточного Средиземноморья не оправился никогда. Если раньше он был союзником державы Ахеменидов, то теперь оказался завоеван персидским оружием со всеми вытекающими последствиями.
Падение Милета произвело в Балканской Греции эффект разорвавшейся бомбы. Возможно, именно теперь наиболее дальновидные из эллинов начали понимать, что военное столкновение с державой Ахеменидов лишь вопрос времени. Однако в большинстве своем греки просто предавались скорби и не думали о возможных последствиях. Поэт Фриних написал на злобу дня трагедию «Взятие Милета» и поставил в Афинах на сцене. Зрелище получилось настолько сильным и впечатляющим, что все присутствующие в театре плакали. Но этот успех вышел автору боком, поскольку афиняне наложили на него штраф в 1000 драхм за то, что он напомнил о бедствиях соплеменников. А затем трагедию и вовсе запретили ставить в Афинах.
После того как Милет пал, восстание стало быстро затухать. Была завоевана Кария, причем некоторые города добровольно открыли ворота перед персидской армией. Те же, что оказали сопротивление, были взяты силой. Узнав о том, что Милет пал, встревожились эллины Самоса. Именно предательство их стратегов привело к поражению восставших у острова Лада. Но такие действия вызвали негодование среди самосцев. Наиболее состоятельные граждане собрались на совет и пришли к выводу, что лучше покинуть родину, чем быть рабами персов. Никто не сомневался, что Дарий сделает тираном острова Эака, племянника Поликрата. В итоге многие греки оставили Самос и бежали в Сицилию.
В этот трагический момент на сцене вновь объявился Гистией. Закрепившись в Византии, бывший тиран промышлял грабежом ионических торговых кораблей, шедших из Понта Евксинского. Что и кому хотел этим доказать Гистией, непонятно. Со временем он пришел к выводу о том, что это занятие для него является слишком мелким, и решил захватить остров Хиос. Милетянин уже знал о том, что именно хиосцы понесли самые страшные потери в битве у острова Лада, и поэтому был уверен в успехе предприятия. На кораблях лесбосцев он прибыл на Хиос и попытался с налета захватить город, но был отбит. Однако Гистией был настойчив и все-таки дожал хиосцев, ослабленных сокрушительным поражением. Теперь он располагал ресурсами двух крупнейших островов в регионе – Хиоса и Лесбоса. Но на этом его успехи и закончились.
Гистией высадился на острове Фасос и осадил город с таким же названием. Когда же до него дошла весть о том, что из Милета отплыл персидский флот и движется вдоль побережья на север, бывший тиран испугался. Сняв осаду, он вернулся на Лесбос. Но поскольку там для войска не было продовольствия, Гистией пересек пролив, отделяющий остров от материка, и высадился на берег около небольшого городка Атарней. Здесь все и закончилось.