Несколько иначе выглядит ситуация в изложении Корнелия Непота. Причем римлянин более объективен, чем «отец истории»: «
Геродот и Непот сходятся в том, что именно на Паросе Мильтиада постигла крупная неудача, но вновь расходятся в деталях. Как пишет «отец истории», командующий испытывал личную неприязнь к паросцам, и именно этим были продиктованы все его действия. Взяв город в осаду, Мильтиад потребовал от жителей выкуп в 100 талантов. Но неожиданно получил отказ, поскольку граждане Пароса приняли решение сражаться до конца. Построив на наиболее уязвимых участках оборонительной стены дополнительные укрепления, паросцы приготовились к борьбе не на жизнь, а на смерть.
Осада города не задалась, и Мильтиад пребывал в полной растерянности, не зная, что делать. Рассказ Геродота о том, как стратег пробрался неизвестно зачем в храм Деметры, я могу объяснить только тем, что он хотел встретиться в святилище с кем-либо из местных жителей, и склонить этого человека к предательству. Но, судя по всему, Мильтиад нарвался на засаду и был вынужден бежать, повредив при этом ногу. Сильно разболевшись, полководец решил прекратить боевые действия и после 26 дней осады покинул Парос. Остров был полностью разорен и опустошен, но это нисколько не скрашивало общего впечатления от неудачной экспедиции.
Корнелий Непот предлагает свою версию развития событий. Римский историк пишет о том, что Мильтиад энергично приступил к осаде города, прорвался к стенам и начал генеральный штурм. Победа была близка, и защитники уже обсуждали условия сдачи. Но однажды ночью командующему доложили о том, что на материке загорелась роща и этот огонь видно на Паросе. Осажденные решили, что это персы подают им сигнал и скоро придут на помощь. Как это ни странно прозвучит, но к такому же выводу пришел и Мильтиад. Греческий полководец запаниковал, велел сжечь осадные сооружения, погрузить войска на корабли и отплывать в Афины. Причем Непот специально оговаривается, что произошло это «
Возвращение в Афины было печальным. Мильтиад мучился от раны на ноге, но вместо полноценного лечения ему сразу же пришлось заниматься судебными тяжбами. Геродот пишет, что стратега привлекли к суду за обман сограждан. По версии Непота, Мильтиада обвинили в измене, посчитав, что он мог овладеть Паросом, но не стал этого делать, получив взятку от персов. Главным обвинителем выступил Ксантипп, отец Перикла. Победитель при Марафоне не мог сам себя защищать перед народным собранием, за него это делали друзья и родственники. Рана на бедре воспалилась, Мильтиад не мог стоять на ногах и был вынужден лежать на ложе перед народным собранием.
Опальному стратегу угрожала смертная казнь, но собрание проголосовало за денежный штраф в размере 50 талантов. Корнелий Непот пишет о том, что поскольку Мильтиад не смог сразу уплатить такие деньги, то его заключили в тюрьму, где он и умер. Но это не так. Как заметил И.Е. Суриков, государственных должников стали заключать в тюрьму только после 400 года до н. э. Другое дело, что после вынесения такого приговора Мильтиад оказался вычеркнут из политической жизни Афин. Но для знаменитого стратега это не имело уже никакого значения, поскольку, по свидетельству Геродота, он вскоре умер от воспаления бедра. Впоследствии штраф выплатил сын Мильтиада, легендарный афинский полководец Кимон.