«14 ноября сего года, в восьмом часу вечера, Преосвященному Исидору, Епископу Балахнинскому, проезжавшему из Печерского монастыря в дом для религиозно-нравственных чтений при Братстве Св. Бл. Кн. Георгия, на дороге, близ Печерских выселок, был нанесен рукою удар по голове крестьянином деревни Пошатова Меленковского уезда Родионом Коноваловым, шедшим в то время по дороге с двумя товарищами, бывшими, как и Коновалов, в нетрезвом состоянии. Его Преосвященство, не зная виновного, пожелал выяснить его личность и причины, побудившие совершить сей поступок. При дознании, произведенном Нижегородским Уездным Исправником, крестьянин Коновалов показал, что вечером 14 ноября он был в состоянии нетрезвости, что признаёт себя виновным в нанесении удара лицу, проезжавшему в то время на лошади, в котором он узнал Преосвященного уже после нанесения удара, что в своем поступке он глубоко раскаивается и слезно испрашивает у Преосвященного прощения. 16 ноября крестьянин Коновалов был представлен Преосвященному, он умолял его о прощении и был прощен Преосвященным. Не довольствуясь этим, крестьянин Коновалов и два его товарища обратились к Его Преосвященству с прошением, озаглавив его «Душевное раскаяние», в коем прописали: «Вина наша перед Богом и Тобою, Владыко, велика, со злосчастного вечера мы, мучимые совестию, ни днем, ни ночью не знаем себе покоя. Как искупить нам грех свой? Воздерживаясь от разгула, будем верными сынами Церкви Бога нашего и не престанем молиться о Твоем, Владыко, здравии и благоденствии. Со слезами, на коленях просим Твоего прощения». На сем прошении Его Преосвященство изволил дать такую резолюцию: «Бог да простит просителей. Мне желательно освободить их от наказания»…»
С мая 1911 года Исидор был лишён кафедры епископа Михайловского, после чего проживал на покое в Валаамском Спасо-Преображенском монастыре. В декабре того же года назначен управляющим Омским Покровским монастырём.
В июне 1913 года Исидора освободили от управления монастырём с назначением местопребывания в Александро-Невском Филейском монастыре Вятской епархии; затем был переведён в Трифоновский Успенский монастырь той же епархии. Через три года, после серьёзного скандала, священника направили в Вологодскую епархию, откуда, благодаря заступничеству митрополита Петроградского Питирима (Окнова) он был вызволен и назначен управляющим на правах настоятеля Тюменского Свято-Троицкого монастыря. Именно там судьба свела Исидора с Григорием Распутиным, который вскоре познакомил епископа с императрицей Александрой Фёдоровной, а через неё – и с императором Николаем II.
Из письма Александры Фёдоровны супругу:
«Провела чудный вечер с нашим другом и с Исидором… Он несравненно выше митрополита [Питирима] по духу, с Гр[игорием] один продолжает то, что начинает другой, – этот епископ держится с Гр[игорием] с большим почтением. Царило мирное настроение… – это была чудная беседа!»