«Страшная молва предшествовала по Литве приезду Бакланова. Назначение его начальником Августовского отдела встречено было с нескрываемым трепетом, — пишет биограф, — потому что всем были известны жестокие погромы его, приводившие в ужас чеченцев, но никто не знал и не слыхал о его сердечной теплоте и нежных чувствах, столь не соответствовавших его суровой и грозной физиономии. Еще до приезда в Вильно поляки были настроены видеть в нем только дикого гунна, варвара и распускали слух, что он питается человеческим мясом, — слухи, которые к удивлению и стыду поляков находили себе многочисленных верователей. Впрочем, Яков Петрович и сам заботился поддерживать о себе подобную славу, говоря, что подобное настроение умов — вернейшее ручательство за спокойствие подведомственного ему края. Решившись раз навсегда не прибегать к особо суровым, карательным мерам, он вздумал господствовать в крае нравственным влиянием и этим достигнуть того, чего не могли достигнуть в других местах ни казнями, ни ссылками».
18 сентября отряд из 22 рот гвардейской пехоты, драгун и донских казаков, разделившись на три группы, выступил по железной дороге из Вильно. Эшелоны Дубельта и младшего Барятинского прошли Ковно и разделились. Дубельт двинулся на Вильковишки — Кальварию, а Барятинский — на Коцлову Рудь — Серию — Сейны. Сам Бакланов с эшелонами Дена через Гродно вышел на Граево и занял Райград. Таким образом, территория была прочесана, как граблями. Небольшие гарнизоны оставили в Липске, Августове, Сувалках. Паутина мелких отрядов и патрулей опутала всю губернию.
Принимая в управление Августовский край, далеко не замиренный, он в одиночку проехал дремучими лесами. Почту из Сувалок в Ломжу до этого отправляли в сопровождении роты пехоты. Бакланов же решил проехать в почтовой карете один и без охраны. Потом его спрашивали, не страшно ли было. «Но я был слишком стар для того, чтобы бояться смерти, — ответил Бакланов. — Моя старинная шашка да пара турецких пистолетов достаточно обеспечивали меня от позорного плена. Стало быть, я рисковал только жизнию; но вместе с тем был убежден, что ежели проеду по этим местам, то отниму уже всякий повод говорить в народе о повстании».
Муравьев прекрасно осознавал, что партизанские отряды существуют, пока их поддерживает местное население, и поручил Бакланову карать деревни, снабжающие повстанцев продовольствием и дающие им приют. Бакланов же прекрасно понимал, что сельскому жителю очень трудно, практически невозможно отказать шайке вооруженных, озлобленных людей, появляющихся на его пороге, и он нарушил инструкцию Муравьева — карать крестьян, оказавших гостеприимство повстанцам. Они лишь обязаны были немедленно сообщить, куда повстанцы направились после. Но «если кто-либо не исполнит последнего распоряжения или пристанет сам к вооруженным шайкам, — за тех отвечают целые общества. Такие деревни объявлены будут вне всякого закона: имущество их будет разграблено, жилища сожжены, и сами они от мала до велика поплатятся жизнью!..»
«Сознаю сам, что мера эта слишком жестока. Многие вправе назвать ее варварской», — говорил впоследствии Бакланов. Однако через две недели о повстанцах не было и слуху.
Как и всякий начальник, отвечающий за территорию, Бакланов обратил внимание, что простое сельское население запугано, а восстанию сочувствуют помещики и интеллигенция. Потому местным панам объявили, что в случае нападения на их земле повстанцев на русские отряды они ответят «всем своим существом и головами».
Вместе с тем Бакланов усиленно поддерживал слухи о собственной жестокости, слухи самые нелепые, вплоть до того, что он пожирает детей.
Во время управления Баклановым августовской губернией 7 человек было казнено. 12 октября 1863 года Бакланов предоставил Муравьеву список подлежащих аресту и отправке в Вильно и на поселение жителей, сочувствующих повстанцам.
Впрочем, и помимо Бакланова поляков хватали, сажали и высылали. Многие ветви и ответвления власти действуют, не ставя друг друга в известность.
Более того, написали донос на самого Бакланова. В. С. Сидоров обнаружил запись одного донского краеведа о том, как «в Литве на Якова Петровича поступил донос в политической неблагонадежности. Стукач извещал, что Бакланов распространяет в обществе фотографические снимки с портрета Пугачева, которым (Пугачевым) восхищается. Начальство потребовало формальных объяснений. Видимо, Яков Петрович написал то же, что впоследствии рассказывал редактору журнала „Русская старина“ Семевскому — что один из сыновей Пугачева звался „Бакланом“ и является предком его. Вот он и заказал с попавшегося ему интересного пугачевского портрета снимки для себя.
Насчет сына Пугачева — маловероятно. Ведь он должен был бы быть не далее, как дедом Якова Петровича, отцом Петра Дмитриевича. Ну а донос — это всегда весьма вероятно».
И все же Бакланов своей волей выпускал из тюрем сидевших там подозреваемых — 60 на Новый год и 60 на Пасху.