Не стал Бакланов исполнять распоряжения Муравьева конфисковывать имения высланных инсургентов. По этому поводу состоялось объяснение, записанное биографами: «- Почему вы, Яков Петрович, не исполняете точной моей инструкции?» — спросил Муравьев (…) — «Потому, Михайло Николаевич, что не казацкое это дело — лишать орлят родимого гнезда» — «Так, а не думаете вы, что орлята вырастут только для того, чтобы занять места сосланных вами же отцов?» — «Позвольте, Михайло Николаевич, и среди сосланных были невинные». -'«Лес рубят — щепки летят!» — «Однако вот вам живой пример: в Уфу выслан президент Сувалок Ростишевский. Когда его увезли, жена его слегла в постель, и через месяц ее не стало. Дочь — 16-ти лет, два сына — 9 и 6 лет, все остались без куска хлеба и приюта. Что же, дочери было идти торговать собой, чтобы достать на обед братьям? А Ростишевский был невинен». — «Да ведь вы, Яков Петрович, добились, что его вам вернули из Уфы, вы его освободили. Чего же вы еще хотите?» — «Я говорю к примеру, ваше превосходительство, что были и ошибки…» — «Пусть меня судит история, а мои подчиненные должны только исполнять мои инструкции». — «Позвольте мне вам сказать следующее прямо и без уверток. Что я полякую, вы, надеюсь, Михайло Николаевич, о Бакланове не подумаете?» — «Не подумаю; хотя бы даже вынужден был отдать Якова Петровича под суд за неисполнение моих ясных и строгих приказаний». — «Там уже ваша воля на то будет, а я считаю долгом чести сказать вам все, чего, может быть, никто вам из боязни не дерзнет сказать. Михайло Николаевич! Обращаюсь к вашей справедливости! Ведь теперь не начало мятежа, пока мы казнили за преступления, а конец всей истории, когда мы уже казним из мщения. В разгар мятежа под ружье и винтовки попадали правые и виновные; но теперь — теперь было позорно действовать без строжайшего разбора. Крутые меры, как бы они ни были жестоки, хороши лишь тогда, когда принимаются своевременно. Не в русской привычке доколачивать лежачего врага!» — «То-то у вас на Дону не приколачивают черкесов!» (…) — «Черкес змея, с земли укусит…» — «А поляки — нет? Э-эх, Яков Петрович!..»
В заключение Бакланов не преминул сказать, что правил в Августове именем Муравьева, и если теперь в Литве Муравьева проклинают, то в Августове благословляют.
«Рассказы про Бакланова в Литве — гимн его человеколюбию, — писал В. С. Сидоров. — Мы думаем, что в основном это чистая правда; похоже, еще на Кавказе совесть его стала тяготиться проливаемой кровью — отсюда, с одной стороны, фаталистские и мистические настроения, с другой — попытки уменьшить количество смертей. С годами память о Кавказе не делалась легче, несмотря на все идеологические подпорки — верность царю, присяга, долг и т. д. Поэтому-то мы как раз охотно верим в нежелание Бакланова снова мараться в крови в Литве».
С другой стороны, Бакланов, как профессиональный воин, никогда не лил кровь даром, ради удовольствия. Если есть возможность выполнить задание без крови, зачем же ее лить? Ни один здравомыслящий начальник не пошлет армейскую часть без крайней нужды на «спецоперацию». От таких операций солдаты разлагаются.
30.1.1864 г. Бакланов, по его просьбе о четырехмесячном отпуске, был уволен как военный начальник Августовского края, но с оставлением заведующим донскими полками в Виленском округе.
6 февраля 1864 года он получил орден «Святого Владимира» 2-й степени с мечами «за усердно-ревностную службу и труды».
29 марта 1864 года польские руководители восстания были схвачены, и эта дата считается официальным окончанием военных действий.
В мае Я. П. Бакланов отбыл на Дон в четырехмесячный отпуск по поводу воспаления печени. На Дону заболевшего Бакланова постигло пожарное разорение. 14 августа все его имущество и квартира в Новочеркасске сгорели.
В январе 1865 года Бакланов вернулся в Вильно и продолжил службу.
27 марта 1866 года «высочайше разрешено производить ему аренду по 3 тысячи рублей в год на 12 лет». В том же году, 17 сентября, прошел смотр, произведенный Великим князем Николаем Николаевичем, по результатам которого Бакланову объявили Высочайшее благоволение «за отличное состояние донских казачьих полков».
В конце 1866 г. должность заведующего казачьими полками была упразднена, и 13.1.1867 г. Якова Петровича «зачислили по Донскому войску».
Доживал Я. П. Бакланов в Петербурге. На Дон он не вернулся.
Почему люди на старости лет меняют место жительства? Почему живут там, где их никто не знает, и они никого не знают?
Жизнь Якова Петровича Бакланова вне походов, вне войн плохо и мало изучена.
Может, он просто за детьми присматривал, материально их поддерживал. Старший его сын Николай вместе с отцом был в Литве, а с 1864 до 1866 года числился в лейб-гвардии казачьем полку, младший в это время служил в Атаманском. В гвардии служить — средства нужны. Все жалование на подарки да на полковые праздники уходит.