Предсмертную просьбу великого человека не могли не уважить. Поэтому после короткого разбирательства (при массе свидетелей и чистосердечном признании убийцы рассусоливать нужды не было), как сказано в судебном отчете, «Вынесен был советниками сему Бальтазару приговор и определено предварительное наказание. Доставленный в подсобное помещение университета, сперва был он подвешен на дыбе и бит плетью с медными крючьми так, что кожа слезла со спины и бедер. Затем раны его были смазаны медом пополам с солью и был приведен козел, дабы слизывать смесь своим шершавым языком, однако козел отказался касаться тела осужденного. После этого один день мэтр Мишель Фуко, хирург, по приказу магистрата лечил его, чтобы не позволить избежать свершения справедливого приговора, но и при лечении был он, Бальтазар, спутан, как мяч, руками и ногами назад, к спине, чтобы не мог он заснуть. В течение следующих дней висел он на дыбе, к каждому же из больших пальцев рук и ног был подвязан вес в 300 фунтов, снимаемый раз в два часа на полчаса. Раз в шесть часов его снимали с дыбы. На седьмой день, обув в башмаки из хорошо смазанной собачьей кожи, его поместили перед жаровней, чтобы кожа стягивалась, дробя нежные косточки ног. Когда ботинки были сняты, кожа с ног, наполовину прожаренная, отставала сама собой. Затем серой прижигали ему подмышки, а покончив с этим, облекли его в холщовую сорочку, вымоченную в спирте. Наконец, поливали его кипящим салом, начиная с уже обожженных мест, а ногти с рук и с ног срывали специальными щипцами. Затем, за день до исполнения приговора, вновь поручили мэтру Мишелю Фуко лечить его так, чтобы мог он быть хотя бы сколько-то бодр. Достойно удивления, но сей Бальтазар во все дни пребывания в темнице оставался спокойным и, приходя в сознание, находил отвагу тихим голосом шутить с присутствующими и молиться за себя и всех, бывших с ним рядом
».А ровно две недели спустя после преступления и через десять дней по вынесении приговора, 24 июля, состоялась казнь.