Лазарев и Коваленский не справлялись: чтобы хранить тайну от грузин, им приходилось переписываться по-немецки. Лазарев заразился чесоткой и клялся, что примет любую должность, лишь бы больше не видеть Тбилиси. Багратионы открыто бунтовали. Обе вдовствующие царицы остались без доходов и без слуг. Царица Дареджан винила Кнорринга в том, что в 1795 году разгромили Тбилиси, пасынка Гиорги — что урезал ее пособия, а его сына Давита — что пособия отменил. Она подняла в атаку всех шестерых сыновей — Юлона, Вахтанга, католикоса Антона II, Мириана, Александрэ и Парнаоза. Мириан остался верноподданым русским офицером, а Юлон, Вахтанг и Парнаоз подготовились к партизанской войне, чтобы русские соблюдали артикулы трактата и венчали Юлона на царство. Изо всех детей Эреклэ II Александрэ оказался самым опасным для России: в июне 1800 года он убежал сначала в Карс, а оттуда в Иран. Объявленный государственным изменником и вне закона, он начал тридцатилетнюю кампанию сопротивления. Но самым неумолимым сыном Эреклэ оказался католикос Антон II, возглавлявший дорогую всем грузинам автокефальную церковь, которую Россия решила полностью упразднить. Понадобилось десять лет, чтобы сфабриковать достаточно веских обвинений в присвоении церковных земель и выдворить Антона II в Нижний Новгород. Русские часовые, с разрешения Гиорги XII, с самого начала окружали дворец царицы Дареджан, чтобы она, Юлон, Вахтанг и Парнаоз не уезжали из Тбилиси. Но Кнорринг не мог перехватывать всю «изменническую» переписку, которую Дареджан и ее сыновья вели с имеретинским царем Соломоном II и с разными азербайджанскими и иранскими эмирами.
Царская семья, расколотая домашними раздорами, уже не пользовалась популярностью среди народа. Эленэ, жену невенчанного царя Давита, недолюбливали, потому что она была армянкой и якобы скрягой. Из старших царевичей двое, Мириан и Иоанэ, служили в русской армии, а Юлон и Парнаоз, набросившись на сторонников сводного брата Давита, разорили осетинские поместья. Младшие дети Гиорги XII от второй жены никому не грозили и ничего не сулили.
Тбилисские купцы, отказывавшиеся продавать русским провиант ниже стоимости и обменивавшие по очень плохому курсу русские рубли, даже золотые червонцы, на грузинские серебряные абазы, тоже заявляли протесты. Кнорринг и Коваленский не знали, как обращаться с феодалами, лишенными понятия о гражданской службе, и с крестьянством, выращивавшим не больше хлеба и фруктов, чем нужно для проживания и оплаты податей, и предпочитавшим нищенство честному труду. Лазарев и Коваленский брезговали грузинами, «
Кнорринг и Коваленский быстро стали невыносимыми. Они допускали зверские злоупотребления: русские солдаты произвольно обрубали руки и носы; чиновники грабили базар, били князей, насиловали женщин. Коваленский разъярил царицу Дареджан тем, что в ее доме не снял ни шапки, ни пальто и в полдень прервал собеседование, объявив, что ему пора выпить водочки. Коваленский снес дворец одного царевича, построил из развалин завод, купил на государственные деньги тонны шерсти, а выручку от ткани прикарманил. Он воровал лошадей и фураж, спекулировал валютой: воспользовавшись высокой ценой на серебро, расплавлял русские монеты. Из-за махинаций Коваленского цены на хлеб и провиант резко поднялись, и в ноябре 1802 года царю Александру пришлось уволить и Коваленского, и Кнорринга. На этот раз царь назначил грузин: военным губернатором стал генерал Павел Цицианов (обрусевший сын Цицишвили, родственника царицы Мариам и также придворного Вахтанга VI); гражданским губернатором стал князь Дмитрий Орбелиани. (Военным главнокомандующим, однако, стал русский генерал Гуляков.) До отъезда Кнорринг и Коваленский принесли кое-какую пользу Грузии: в ноябре 1802 года. Коваленский открыл двухклассную школу для сорока пяти мальчиков, которых должны были обучать грузинскому и русскому языкам, математике, истории, гражданскому долгу и катехизису, а Кнорринг издал «правила добронравия», постановления о надзоре за «достойной» беднотой, уборке улиц, бойне, фонарях.