В структуру МВД вошла пограничная полиция Грузии, подчиненная Президенту и министру внутренних дел. Начальник Пограничной полиции по совместительству является заместителем министра внутренних дел. В рамках своей компетенции наделена правом проводить оперативно-розыскные, разведывательные и контрразведывательные мероприятия.
Служащим пограничной полиции присваиваются специальные звания (например, майор пограничной полиции и т. д.). Должность начальника Пограничной полиции до последнего времени занимал Бадри Бицадзе (супруг бывшего Председателя парламента Грузии Нино Бурджанадзе). После того, как Бурджанадзе перешла в оппозицию к Саакашвили, Бицадзе был снят с должности.
Бойцы Центра (департамента) специальных операций и Главного управления по особым поручениям МВД принимали активное участие в боевых действиях в Южной Осетии летом 2004 года, в частности, они были задействованы в штурме Тлиаканских (Дзауских) высот. Бойцы спецподразделений МВД также активно привлекаются к проведению спецопераций на территории Южной Осетии и приграничных территориях.
В целом все спецподразделения Грузии, имеют схожие системы боевой подготовки, используют схожее оружие и снаряжение и могут выполнять широкий спектр боевых задач.
С сентября 2004 года, после упразднения Академии МГБ был создан центр специальной подготовки. В феврале 2006 года центр введен в состав Академии МВД на правах факультета. Центр осуществляет подготовку и переподготовку кадров для специальных служб МВД.
С ноября 2005 был изменен учебный профиль Академии. Она стала профессиональным учебным заведением, готовящим кадры только для системы МВД. До этого Академия представляла собой высшее учебное заведение более широкого профиля. После присоединения органов погранохраны к МВД и их преобразования из военных сил в полицейские, был создан факультет Пограничной полиции.
В результате реформ из министерства госбезопасности Грузии выделилась служба разведки, и на ее основе была создана служба внешней разведки. По этому поводу М. Саакашвили сказал: «За последнее время на территории Грузии активизировали свою работу спецслужбы некоторых государств. Мы намерены максимально финансировать службу контрразведки и усилить работу в направлении эффективности системы безопасности Грузии». Специальная служба внешней разведки Грузии находится в непосредственном подчинении Президента Грузии. Основные задачи службы: ведение политической разведки в глобальном масштабе; анализ и обобщение всей поступающей информации с оценкой международной обстановки; разработка рекомендаций по определению текущего и долгосрочного внешнеполитического курса страны; сбор и обработка информации поступающей от посольств Грузии и грузинских диаспор за рубежом (совместно с МИД Грузии). Начальника Службы на должность назначает и с должности освобождает Президент Грузии. Начальник Службы имеет одного заместителя. Работники Службы имеют статус военнослужащих.
В середине сентября 2006 года начальником службы разведки назначили Анну Жвания. Она была руководителем департамента Грузии почти два года. Вскоре пришлось заменить и ее на кадрового работника КГБ ГССР. Настал черед нового руководителя.
Приближался день запланированной агрессии в Южной Осетии.
В январе 2008 на этот пост был назначен Гела Бежуашвили. Ему предстояло реформировать грузинскую разведку по образу и подобию ЦРУ. На это было отведено полгода. При его назначении на разведку Саакашвили откровенно сказал, что службу надо резко усилить. Бежуашвили — один из главных столпов, на которые опирается Саакашвили в принципе: его брат Давид — крупный грузинский олигарх, владелец акций телеканалов «Рустави-2» и «Мзе».