Но не успел М. Саакашвили прийти к власти, как МГБ Грузии совместно с МВД в декабре 2003 года предотвратило переворот против Саакашвили. Тогда, 18 декабря 2003 года полицией был задержан первый командир грузинской «Альфы» вице-полковник спецслужб Котэ Шавишвили, обеспечивавший в последние годы личную охрану руководителя объединения «Тбилавиастрой» Пантико (Важи) Тордия. Были также задержаны несколько сотрудников ООО Агентство безопасности GGK («Джи-джи-кей»). Скорее всего, все были задержаны по политическим мотивам, поскольку в прошлом работали под руководством Игоря Гиоргадзе. А накануне министр внутренних дел Григорий Барамидзе сообщил, что в Грузии готовится вооруженный мятеж, к которому могут быть причастны лица из числа сторонников «Командора». Более того, МГБ Грузии предоставляет информацию, что Шавишвили — первый командир грузинской «Альфы» и правая рука Игоря Гиоргадзе. Хотя реальных фактов их контактов спецслужбы обнаружить не смогли.
Уже тогда кандидат в президенты Михаил Саакашвили и шеф МВД запугивают грузинскую общественность о вооруженной банде в тысячу человек, которая поддерживает Игоря Гиоргадзе. По словам министра МВД, все они, «скоро будут пойманы или ликвидированы». В МВД планируется операция по нейтрализации «особо опасных» для государства лиц. Непосредственными руководителями этой акции назначаются Давид Кекуа и Давид Энделадзе из ГУВД г. Тбилиси.
В то же время, бывший лидер Национально-демократической партии Ирина Саришвили-Чантурия сразу же назвала происшедшее фактом политических репрессий. По ее словам, Котэ Шавишвили должен был в ближайшие дни в соответствии с официальным контрактом обеспечить личную охрану. Саришвили-Чантурия считает, что Шавишвили — профессионал высокого уровня, который мог бы помочь выйти на след тех, кто 8 декабря обстрелял ее квартиру, но «это не устраивает новые власти». В поддержку Шавишвили выступили его родные и друзья, призвавшие всех людей, «кому не безразлична судьба этого честнейшего и мужественного человека, поддержать… обращение к руководству Грузии с просьбой разобраться в этом деле честно, справедливо и непредвзято». В марте 2004 года прокуратурой Ваке-Сабурталинского района Тбилиси было вынесено постановление о прекращении уголовного преследования Котэ Шавишвили и его сотрудников, в части оказания преднамеренного сопротивления, за отсутствием состава преступления.
Затем в эфире латвийской передачи канала TV3 Nek"a Person"ig^a грузинский журналист Тенгиз Гоготишвили и председатель грузинской парламентской комиссии по национальной безопасности Гиви Таргамадзе утверждали, что российский дипломат Александр Хапилов пытался организовать осенью 2003 года убийство тогдашнего лидера оппозиции Михаила Саакашвили, в момент, когда он приходил к власти. Но в последний момент машина с террористами — а это была группировка сторонников Звиада Гамсахурдия — попала в автокатастрофу, столкнувшись с грузовиком, и руководитель группы террористов погиб на месте, а другой лидер ранен. Теракт якобы планировался в Западной Грузии, Мингрелии, на Сенакском мосту, где Саакашвили якобы должен был быть ликвидирован.
Основания для подобных рассказов — свидетельские показания некого Бигвавы. Бигвава со своим братом, тоже Бигвавой, состоял в группировке звиадистов и был завербован российским дипломатом, а потом перевербован грузинскими спецслужбами. «Хапилов нам обещал миллион долларов, если мы убьем Саакашвили. Он платил мне 700 долларов в месяц», — заявил на телекамеру Бигвава.
В октябре 2004 года была предпринята еще одна попытка покушения на президента Саакашвили. Служба правительственной охраны Грузии за час до начала джазового концерта в Тбилиси в концертном зале «Аджара мюзик-холл» обнаружила снайперскую винтовку и автомат Калашникова с боеприпасами. Оружие находилось в складском помещении рядом с кабинетом директора концертного зала. Представители МГБ воздерживаются говорить о возможном теракте в отношении президентов Грузии и Армении, которые в качестве гостей присутствуют на концерте. Несмотря на инцидент, Михаил Саакашвили и Роберт Кочарян находятся в зале.
Еще одно покушение на нового президента Грузии Саакашвили произошло в момент противостояния с «мятежной» Аджарией. Тогда МГБ Грузии задержало группу киллеров в составе шести человек, которые по заданию высшего руководства Аджарии планировали покушение на президента Грузии Михаила Саакашвили. Так, в частности, 23 марта 2004 г. по подозрению в организации покушения на лидеров аджарской оппозиции в Тбилиси был задержан Лери Беридзе. Затем, в начале апреля сотрудниками МГБ Грузии в селе Абастумани Адыгейского района задержали еще двоих членов этой группы — Гию и Бадри Сагинадзе, а в городе Озургети (регион Гурия, Западная Грузия) был задержан подозреваемый в тяжких преступлениях Эдвард Мсхаладзе. Еще двое членов группы — Гоча Сиамашвили и Джамбул Гучманидзе, по данным МГБ Грузии, скрылись на территории Аджарии.