Строительство линии началось одновременно с изысканием места для будущего порта. Вскоре выяснилось, что Обская губа совершенно не подходит для подобного строительства — очень малые глубины, большие ветровые сгоны и нагоны воды не позволяют построить крупный порт на ее берегах. А искусственно углубить гавань невозможно по причине природных особенностей дна.
Однако от самой идеи создания заполярного порта на трассе Севморпути не отказались. Над поиском нового места для строительства порта и судоремонтного завода работала целая комиссия.
А в январе 1949 г. состоялось совещание И.В. Сталина, Л.П. Берии и начальника ГУЛЖДС Н.А. Френкеля, на котором принимается решение свернуть работы на полуострове Ямал, прекратить строительство линии к Мысу Каменному и начать прокладку железной дороги длиной 1290 км к нижнему течению Енисея, по трассе Чум — Лабытнанги — Салехард — Надым — Ягельная — Пур — Таз — Янов Стан — Ермаково — Игарка, с устройством порта в Игарке.
Игаркский порт на правом берегу Енисея и будущий Ермаковский на противоположном берегу были бы примерно одинаково доступны для речных судов и крупного морского транспорта. Выход железной дороги на стык морских и речных коммуникаций обещал возможность создания в районе Игарка — Ермаково крупного транспортного узла. Экономически этот проект был более выгоден, чем предыдущий (северный). Развитие линии в восточном направлении создавало реальные предпосылки для установления надежной транспортной связи северо-восточных районов Сибири с индустриальными центрами страны, для развития Норильского горно-металлургического комбината.
Новый порт должен был иметь 12 причалов с глубинами 10 метров и судоремонтный завод для производства ежегодного капитального ремонта одного ледокола и двух транспортных морских судов, а также среднего ремонта еще одного ледокола и трех транспортных судов.
Это решение было закреплено Постановлением Совмина СССР № 384—135сс от 29 января 1949 г.
В дальнейшем планировалось продлить линию через Дудинку до Норильска. Этим постановлением изыскания и проектирование морского порта в городе Игарка и комплекса сооружений при нем было поручено Главному управлению Северного морского пути (ГУСМП) при Совете Министров СССР.
Строительное управление № 502, занимавшееся прокладкой линии от станции Чум Печорской железной дороги к Мысу Каменному с ответвлением на Лабытнанги, было упразднено, и создано два новых управления — западное № 501 с базой в Салехарде, в ведении которого был участок от Лабытнанги до реки Пур, и восточное управление № 503 с базой в Игарке (перенесенной позже в Ермаково), строившее дорогу от Пура до Игарки. Сосредоточение живой силы, материалов между этими строительствами распределялась примерно как два к одному.
29 января 1949 г. можно считать началом второго этапа возведения железной дороги Чум — Салехард — Игарка, так как дорога приняла иное, отличное от первоначального замысла направление.
В Ермакове предполагалось строительство моста через Енисей. А пока моста не было, зимой на Енисее намораживали ледовую «накипь». В нее вмораживали шпалы и рельсы, и по ним шли поезда. Если верить рассказам очевидцев, добровольцу-зэку, ведущему первый рейс паровоз по ледовой переправе, предоставляли освобождение.
В Ермакове была построена пристань, где базировалась целая флотилия судов, подчиненная Управлению строительства железной дороги № 503. В составе флотилии имелось 19 небольших пароходов и катеров, а также 20 грузовых барж.
В 1953 г. население Ермакова достигло 15 тысяч человек: вольнонаемных, ссыльных немцев Поволжья, а также заключенных. Ну а в 1972 г. постоянное население Ермакова составляло… 5 человек.
Для работы по Енисею и Оби на заводе Севмаш были построены ледокольные железнодорожные паромы проекта 723: «Надым», «Заполярный», «Северный» и «Чулым».
Ледокольный паром «Заполярный» прошел по Севморпути и прибыл в Игарку в 1950 г., а «Надым» — в 1951 г. Паромы были рассчитаны на перевозку 16 товарных или 8 пассажирских четырехосных вагонов.
После прекращения работ по трансполярной железной дороге паромы отправили на Черное море, где они работали на Керченской переправе. Там «Надым» переименовали в «Восточный», а «Чулым» — в «Южный». Паромы работали на Керченской переправе до начала 1990-х гг.
Управление строительства железной дороги № 503 вело работы на участке Пур — Игарка. На правом берегу реки Пур расположен Старый Уренгой, с которым железнодорожного сообщения нет. Между реками Пур и Турухан дорога не была достроена. Так, по некоторым данным, отделение в Долгом сумело построить порядка 15 км трассы в сторону Ермакова и ветку в Седельниково. Два других строительных отделения 503-й стройки, располагавшиеся в Яновом Стане и Ермакове, к 1953 г. построили участок протяженностью 140 км и открыли рабочее движение на нем, продвигаясь дальше на запад. К 1953 г. было уложено около 65 км полотна от Игарки на юг по направлению к станции Енисейская (напротив Ермакова).