Строителям пришлось еще потрудиться, чтобы освоить новую дорогу, подготовить ее к постоянной эксплуатации. В 1942 г. работы продолжались. Начальником экспедиции был известный изыскатель А.В. Гоникберг, главным геологом — Г.М. Лисовский. Условия строительства и эксплуатации были крайне тяжелыми. Зимой вьюги заносили пути снегом, от холода в буксах подвижного состава застывала смазка.
Весной 1942 г. бурное половодье размыло земляное полотно во многих местах. Рельсы, а вместе с ними и шпалы повисли в воздухе, несколько переправ оказались затопленными. Сутками не уходили печорстроевцы с моста через Абезь — сооружение находилось в угрожающем состоянии, но его удалось отстоять. Как только большие размывы ликвидировали, угольные эшелоны вновь двинулись на юг. Локомотивные бригады вели поезда крайне осторожно и были готовы в любую минуту принять необходимые меры для предотвращения возможной аварии.
Очевидец писал: «Как ни странно, жить в нашем лагере к концу 1942 г. стало легче.
В стране свирепствовал голод. Лагерь перестал получать и ржаную муку, и даже овес. Но воркутинский уголь становился все нужнее и нужнее. Поэтому, как только начали поступать продукты по американскому ленд-лизу, они потекли на Воркуту. Бывали периоды, когда из-за отсутствия черного хлеба весь лагерь кормили пышным американским белым хлебом. Знаменитой американской тушенки поступало столько, что всю металлическую посуду для лагеря — плошки, кружки, всю осветительную арматуру, а местами и крыши стали делать из банок. Целыми вагонами привозили красиво упакованное, хотя и прогорклое, залежавшееся американское масло. Тоннами завозили аскорбиновую кислоту и почти выжили цингу. Наряжали заключенных в какие-то спортивные американские костюмы и желтые башмаки с подошвами в два пальца толщиной.
Жить в нашем лагере стало, пожалуй, лучше, чем на воле. В конце 1942 или в начале 1943 г. к нам привезли эшелон ленинградских детей. Только тут мы воочию увидели, что происходило в стране»[17].
Первый угольный маршрут был отправлен в Москву из Воркуты в конце 1941 г. Возведение моста через реку Печору, а также строительство участка Коноша — Котлас — Кожва проводилась быстрыми темпами, по их окончании в 1942 г. железная дорога была открыта.
В 1942 г. были закончены и сданы Наркомату путей сообщения в постоянную эксплуатацию участки железнодорожной магистрали Вольск — Котлас протяжением 260 км и Котлас — Кожва протяжением 728 км. Кроме того, была построена и пущена во временную эксплуатацию часть железнодорожной магистрали Кожва — Воркута протяжением 420 км. В 1942 г. Воркутлагом и Интинлагом было добыто и отправлено по железной дороге более 750 тысяч тонн угля, а Ухтажемлагом добыто и транспортировано около 100 тысяч тонн нефти.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 15 сентября 1943 г. «за успешное строительство в 1940–1943 гг. новой Северо-Печорской железной дороги Воркута — Котлас — Коноша протяжением 1847 км и освоение Печорского угольного бассейна» орденами и медалями были награждены 714 сотрудников НКВД. В числе 12 человек, награжденных орденом Ленина, были начальник ГУЛЖДС Френкель Н.А., главный инженер ГУЛЖДС Бакин А.К. и начальник Севжелдорлага НКВД Шемена С.И.
В дальнейшем Северо-Печорская дорога достраивалась и успешно эксплуатировалась, но так и не была полностью передана в НКПС. Только 1 августа 1949 г. министр внутренних дел С.Н. Круглов направил на имя заместителя председателя Совета Министров СССР Л.П. Берия письмо с просьбой дать указание о назначении правительственной комиссии для приемки Северного участка Печорской железнодорожной магистрали в постоянную эксплуатацию. 28 августа 1949 г. распоряжением Совета Министров СССР была образована Правительственная комиссия для приемки построенной МВД СССР железнодорожной линии Кожва — Воркута.
В докладе МВД СССР от 17 января 1950 г. на имя И.В. Сталина, Л.П. Берии и Г.М. Маленкова о выполнении плана капитальных работ 1949 г. по строительству железных дорог было записано, что по Северо-Печорской железнодорожной магистрали капиталовложений освоено 102,4 к плану. В результате проведенных работ пропускная способность на всем протяжении магистрали доведена до 20 пар поездов в сутки. Участок Кожва — Воркута принят Правительственной комиссией с оценкой «хорошо».
Помимо этого, закончена укладка главного пути и открыто рабочее движение поездов на участках от Воркуты до станции Хальмер-Ю и от станции Хановей до пункта Мульда-Шахта № 7 общим протяжением 124 км. Это дало возможность увеличить вывоз печорских углей и форсировать строительство шахт для добычи коксующихся углей в районе Хальмер-Ю. Помимо выполнения строительных работ в 1949 г. МВД СССР погружено 250 282 вагона печорских углей, что составило 100,5 к годовому плану.
Постановлением Совета Министров СССР от 29 июня 1950 г. Акт Правительственной комиссии о приемке в постоянную эксплуатацию построенной МВД СССР железнодорожной линии Кожва — Воркута протяжением 462 км был утвержден.