В 1937 г. был создан БАМ-проектстрой в Иркутске, где в 1937–1942 гг. были составлены проектные задания и технические проекты по участкам: Тайшет — Братск, Усть-Кут — Нижнеангарск, Тында — Зея — Нора, Ургал — Комсомольск-на-Амуре — Советская Гавань (порт Ванино). В 1938 г. началось строительство западного участка от Тайшета до Братска, а в 1939 г. — подготовительные работы на восточном участке от Комсомольска-на-Амуре до Советской Гавани. В 1940–1941 гг. построен первый подход к магистрали — участок Бам — Тында.
В 1942 г. последовало распоряжение ГКО разобрать путь и рельсы отправить на строящуюся рокадную Сталинградскую дорогу. Но разобрали лишь 12 км. Дальнейшее строительство участка Тайшет — Лена было законсервировано. Такая же участь постигла и построенную в 1941 г. ветку длиной 180 км от станции Бам до станции Тында, соединявшую Транссиб с БАМом.
Сразу после капитуляции Японии в сентябре 1945 г. Л.П. Берия подписал приказ НКВД СССР, которым на основании постановления ГКО военнопленных японцев в количестве порядка 200 тысяч человек направили на продолжение строительства начатой еще до войны Байкало-Амурской магистрали.
На новом, послевоенном этапе изыскания проектирование и строительство этой железной дороги на основании постановления СНК СССР от 21 сентября 1945 г. были возложены на ГУЛЖДС НКВД СССР. К первой очереди БАМа отнесли часть железнодорожной линии общим протяжением 1995 км, которую предписано было закончить за 4 года и сдать Наркомату путей сообщения в постоянную эксплуатацию к 1949 г.
Прокладывавшуюся линию разбили на три участка: Тайшет — Братск — Усть-Кут протяжением 700 км; Комсомольск — Ургал (507 км) и Известковая — Ургал (334 км). Для производства работ сформировали Амурское управление (начальник генерал-майор И.Г. Петренко), а также Тайшетское и Ленское строительства ГУЛЖДС МВД СССР.
В 1943 г. было возобновлено строительство железнодорожной линии Комсомольск — Советская Гавань с железнодорожной переправой через Амур, получившей обозначение «строительство № 500».
Основную рабочую силу составляли заключенные Нижне-Амурского и Восточного ИТЛ. По истечении сроков наказания их удерживали на стройке на положении вольнонаемных.
На основании постановления ГКО № 3857 от 2 августа 1943 г. на «строительство № 500» отправляли спецпереселенцев (кулаков, немцев и т. д.). Всего на «строительство № 500» к началу 1944 г. прибыло 30,8 тысячи человек, в том числе 1177 спецпереселенцев. Летом 1945 г. магистраль Комсомольск — Советская Гавань была сдана в постоянную эксплуатацию.
На этой дороге было 40 станций и разъездов, построено свыше 500 средних и малых мостов, дренажных труб и других искусственных сооружений, 7 больших мостов с металлическими фермами через горные реки Хунгари, Хуту, Мули и другие. На переходе через главный Сихотэ-Алиньский горный хребет прорыт тоннель длиной 400 метров. В бухте Ванино было построено два морских причала, что позволило принимать одновременно три большегрузных парохода водоизмещением до 10 тысяч тонн каждый. С основной Дальневосточной магистралью новая железная дорога соединялась у города Комсомольска с помощью паромной переправы через Амур.
Пропускная способность переправы — 300 вагонов в сутки в обоих направлениях.
31 мая 1947 г. С.Н. Круглов направил на имя И.В. Сталина доклад об окончании прокладки железнодорожного пути от Известковой до станции Ургал, вдоль которого были построены 16 станций, 11 пунктов водоснабжения, два депо, а также служебные, жилищно-бытовые и производственные здания.
6 ноября 1947 г. укладка главного пути на головном участке Байкало-Амурской железнодорожной магистрали от Тайшета до Братска протяжением 310 км была завершена, и по ней прошел первый поезд. «Открытием рабочего движения поездов на участке Тайшет — Братск, — говорилось в приветственном сообщении, — обеспечена возможность перевозок народно-хозяйственных грузов до Братска для нужд золотой промышленности и местного населения. Досрочное открытие движения рабочих поездов до Братска будет также способствовать развертыванию строительных работ на следующем участке Байкало-Амурской магистрали — от Братска до Усть-Кута, который свяжет реку Лену с железнодорожной сетью Советского Союза».
По Постановлению Совета Министров СССР от 22 мая 1948 г. началась подготовка к восстановлению законсервированной в войну железнодорожной линии Бам — Тында и подготовка к строительству железной дороги Тында — Хандыга с ответвлением на город Якутск. В развитие этого постановления 24 мая 1949 г. министр внутренних дел Круглов представил на имя Сталина и Берии доклад, в котором были сделаны предложения в отношении организации и сроках прокладки Якутской железнодорожной магистрали.