Начавшееся 10 мая 1940 г. вторжение на Запад поддерживал с воздуха 641 бомбардировщик Не-111. Объектами ударов стали транспортные узлы, аэродромы, места скопления войск. Хейнкели из KG-4 подвергли жестокому налету Роттердам 14 мая 1940 г., под бомбами погибло 850 мирных жителей Роттердам. Союзники назвали налет «бомбовым террором». Франция подписала позорное перемирие с Германией 26 июня 1940 г. С окончанием Французской кампании большинство Не-111 было передислоцировано на аэродромы северной Франции, Голландии и Бельгии. На 13 августа 1940, день начала Битвы за Британию, в люфтваффе имелось 463 Не-111 (124 Не-111Р и 339 Не-111Н), которые были задействованы в «Налете орлов». В небе Англии быстро выявились слабые места Не-111: низкая скорость и неудовлетворительное оборонительное вооружение. Не-111 не могли противостоять «Харрикейнам» и «Спитфайрам». В августе потери в Не-111 составили 60 самолетов. В сентябре люфтваффе были вынуждены перейти от дневных налетов к ночным. Ночью бомбардировщики были менее уязвимы от британской ПВО, но точность бомбометания резко падала. Несколько Не-111, оснащенных радиотехническими системами наведения, использовались в качестве лидировщиков. Обычно использовалась система X-Gerate, позже применялась система Y-Gerate. Между тем, потери люфтваффе в бомбардировщиков продолжали расти. За первые три месяца 1941 г. было потеряно порядка 150 Не-111.
В ходе «ночного блитца», с сентября 1940 г. по май 1941 г., немецкая авиация бомбила Лондон, Ковентри и другие города Великобритании. В преддверии кампании на Востоке, большинство бомбардировщиков люфтваффе передислоцировали на восточные аэродромы, а Не-111 из числа оставшихся на Западе стали привлекаться для борьбы с судоходством противника. Позже Не-111 в этой роли сменили более современные Ju-88 и Do-217.
В декабре 1940 г. 76 бомбардировщиков Не-111 трех групп было переброшено из Норвегии на Сицилию. Отсюда с января 1941 г. самолеты начали совершать налеты на Мальту. Несколько доработанных в торпедоносцы Не-111 охотились за кораблями и судами союзников на Средиземном море. Налеты на Мальту и борьба с судоходством противника продолжалась в 1942 г. Не-111 добились определенных успехов ценой тяжелых потерь. С конца 1941 г. Не-111 действовали в Северной Африке в интересах войск Роммеля, однако такие полеты носили эпизодический характер.
Одна группа Не-111 принимала участия в кампании на Балканах - оккупации Югославии и Греции. Бомбардировщики наносили удары по скоплениям живой силы и техники, аэродромам, коммуникационным линиям. Кампания завершилась успешно для немцев в мае 1941 г.
В операции «Барбаросса» люфтваффе задействовали 212 Не-111Н и два Не-111P из 13 бомбардировочных групп. 11 Не-111 имелось в трех эскадрильях разведки погоды, развернутых на Восточном фронте. Вскоре после 22 июня на Восток с Запада перебросили еще два вооруженных Не-111 гешвадера. Не-111 составили основную часть ударных сил люфтваффе, бомбивших Москву и Ленинград летом и осенью 1941 г.
По мере продвижения германских войск вглубь территории Советского Союза удлинялись пути снабжения. Ужасающие русские дороги сильно затрудняли доставку всего необходимого для ведения войны, в том числе и запасных частей к бомбардировщикам Не-111. Качество аэродромов на Восточном фронте мягко говоря оставляло желать лучшего. В результате поломки стоек шасси на Не-111 стали обычным делом. В целях снижения вероятности поломок стоек пришлось пойти на снижение бомбовой нагрузки и запасов топлива на самолетах.