12 марта Красная гвардия, усиленная добровольцами из числа экипажей Амурской военной флотилии, начала штурм Благовещенска. Одному из красногвардейских отрядов удалось незаметно переправиться по замерзшему руслу реки Зеи и выйти в тыл оборонявшимся, что решило исход боя. К вечеру красногвардейцы овладели большей частью города, пробились к тюрьме и освободили более пятисот находившихся в ней заключённых. Особенно упорный бой шёл за последний оплот оборонявшихся – Благовещенский железнодорожный вокзал. В упорном бою погибло или было ранено до половины его защитников.
13 марта 1918 г. восстание было окончательно подавлено, 14 марта возобновил работу областной Совет.
Остатки восставших, в том числе и сам И.М. Гамов, ушли в Сахалян, захватив с собой 40 миллионов, а по другим данным – 49 миллионов рублей. В боях с обеих сторон погибло не менее 200 человек (в том числе 92 красногвардейца).
7 апреля 1918 г. банды Семёнова вторглись из Маньчжурии в Забайкалье. Вскоре их численность достигла 4 тысяч человек. Семёновцы захватили станцию Бурятскую и создали угрозу захвата Амурской дороги у разъезда Кайдалово.
На станции Андриановка срочно формировались части Забайкальского фронта (командующий С.Г. Лазо, начальник штаба П.К. Голиков). Все прибывшие сюда дальневосточники – военные моряки Тихого океана и Амура, солдаты владивостокского гарнизона, рабочие Владивостока, Хабаровска и Благовещенска – вошли в 1‐й Дальневосточный социалистический отряд, насчитывавшей свыше 1000 бойцов-пехотинцев, 250 кавалеристов, 14 орудий, 10 пулемётов. Отрядом командовал рабочий Владивостокского военного порта коммунист В.А. Бородавкин, комиссаром являлся член Дальневосточного краевого комитета партии и краевого Совета М.И. Губельман, начальником штаба – лейтенант с башенной лодки «Шквал» В.И. Радыгин.
В марте 1918 г. части, руководимые С.Г. Лазо, нанесли серьёзное поражение бандам атамана Семёнова. 5 апреля, в день высадки японских войск во Владивостоке, белогвардейцы организовали новый поход на советское Забайкалье, но опять были разгромлены и бежали на маньчжурскую границу. В мае белогвардейцы начали очередное наступление. Упорные бои продолжались более месяца.
В одном из боёв отступавшие семёновцы укрепились на высоком берегу реки Онон и открыли сильный огонь по станции Оловянная. Чтобы выбить их оттуда, нужно было переправиться через глубокую и быструю реку. Эту задачу успешно решил отряд матросов. Глубокой ночью 27 мая он скрытно перебрался по разрушенным фермам железнодорожного моста на правый берег и ударил из пулемётов по семёновцам. С винтовками наперевес 60 матросов бросились на врага, сковав на этом участке его основные силы. Тем временем красная конница переправилась через Онон севернее моста и вышла в тыл противнику, а артиллерия и пулемёты открыли ураганный огонь по его позициям. Семёновцы, побросав артиллерию, пулемёты, раненых, в панике отступили. Не давая врагу опомниться, войска Забайкальского фронта вскоре разгромили его, отбросив остатки белогвардейских частей за пределы советского Забайкалья.
Успешно выполнив свою задачу, моряки и красногвардейцы возвратились из Забайкалья на Дальний Восток. 8 июня 1918 г. на хабаровском вокзале их торжественно встретили члены Дальневосточного совнаркома, Исполнительного комитета краевого Совета, центрального бюро профсоюзов, красногвардейцы, моряки Амурской речной флотилии, арсенальцы, грузчики порта. Герои Забайкальского фронта торжественным маршем прошли по усыпанной цветами главной улице города к зданию Дальсовнаркома, где состоялся массовый митинг.
Летняя кампания Амурской военной флотилии началась, как обычно, 1 апреля. После очищения рек ото льда суда вышли на Амур и Уссури для несения сторожевой службы. В устье Сунгари несла боевую вахту башенная лодка «Шквал», действовавшая в соответствии со специальной инструкцией, предписывавшей «пропускать только те суда, которые будут иметь разрешение на проезд от Дальневосточного совнаркома».
В июне 1918 г., когда белочехи захватили железнодорожную линию и телеграфную связь, Амурская флотилия оказалась отрезанной от центра.
С этого времени она была непосредственно подчинена Дальневосточному совнаркому, её боевой деятельностью руководил Дальневосточный краевой штаб Красной армии, гвардии, флота.
«Сразу же после захвата Владивостока отряд чехословаков, насчитывавший 6 тысяч человек, двинулся на Никольск-Уссурийский. Первый бой чехословаки провели у станции Надеждинской, где против белочехов сражался отряд сучанских рабочих в 3 тысяч человек, который был разбит чехами.