Японцы разграбили имущество и материальную часть кораблей Амурской флотилии. Тем не менее антибольшевистское Временное Сибирское правительство решило привести в боеспособное состояние хотя бы несколько кораблей флотилии. 8 ноября в командование Амурской флотилией на основании приказа Временного правительства № 47 от 18 октября 1918 г. вступил старший лейтенант Василий Викторович Безуар. Любопытно, что местом пребывания командующего Амурской флотилией стал Владивосток, а точнее, станция Океанская.
В конце апреля 1919 г. белые решили отправить в Амурский лиман и далее на реку Амур несколько судов Сибирской флотилии (посыльные суда «Патрокл», «Магнит», «Свирь» и дивизион СКР). Однако из-за «изменения обстановки» план этот реализован не был.
Поскольку японцы всячески затягивали передачу белым мониторов и канонерок Амурской флотилии, то 31 марта 1920 г. командующий Сибирской флотилией контр-адмирал Н.И. Черниловский-Сокол издал приказ о формировании на Амуре белой флотилии с мобилизацией и вооружением судов гражданских ведомств.
«Для выполнения поставленных задач необходимо образовать два дивизиона вооружённых пароходов, один в составе четырех пароходов с базой в Михаило-Семёновском для наблюдения за рекой Сунгари, другой – в Хабаровске, в составе двух миноносцев и двух пароходов для наблюдения за японской Амурской флотилией и нижним Амуром…
Для отряда Среднего Амура:
«Михаил Корсаков», 1–4‐дм и 1 – 40‐мм;
«Сретенск», 1–4‐дм и 1 – 40‐мм;
«Благовещенск», 1–4‐дм и 1 – 40‐мм.
Для отряда Нижнего Амура:
2 миноносца Сибирской флотилии, 2 – 75‐мм;
«Казакевич», 1–4‐дм и 1 – 40‐мм;
«Хабаровск», 1–4‐дм и 1 – 40‐мм».
После перевооружения во Владивостоке 4 февраля 1920 г. офицеры ещё не созданной белой Амурской флотилии бежали в Китай.
5 февраля 1920 г. красные партизаны освободили Благовещенск, и там начал формироваться морской отряд Амурской флотилии. 17 февраля был взят Хабаровск. Там самостоятельно начал действовать Хабаровский морской отряд. 8 мая 1920 г. оба отряда объединились под общим командованием. Командующим был избран В.Я. Канюк. Первоначально в состав флотилии вошли три вооружённых парохода («Карл Маркс», «Марк Варягин», «Труд») и три вспомогательных судна.
28 июня 1920 г. пароход «Марк Варягин» на реке Шилке у селения Усть-Карс имел бой с двумя белыми пароходами. «Варягин» выпустил 36 снарядов, после чего неприятельские пароходы отошли к Сретенску.
2 июля «Варягин» вёл перестрелку с тремя белыми пароходами, в ходе которой белый бронепароход «Степан Левицкий» получил повреждения боевой рубки. На «Левицком» 50 человек были убиты и 27 ранены.
Любопытно, что собственной флотилией обзавёлся даже атаман Семёнов.
В июне 1920 г. в Сретенске была сформирована флотилия речных судов в составе колёсных пароходов «Стефан Левицкий» и «Александр Бубнов».
«Стефан Левицкий» (первое название «Михаил») был вооружён двумя лёгкими (87‐мм) пушками обр. 1877 г. с клиновым затвором. При стрельбе их сошники упирались в деревянный брус, который в свою очередь упирался в 5 вагонных буферных пружин.
«Александр Бубнов» построен в 1902 г. в Бельгии и собран на Амуре. В 1907 г. он получил имя «Александр Бубнов» в честь местного купца. На носу была установлена трёхдюймовая пушка обр. 1900 г.
В кампанию 1920 г. оба парохода несколько раз обстреливали их партизан, а потом семёновцы их бросили. Партизаны переименовали «Бубнова» в «Павла Журавлёва» по имени партизанского командира. Трёхдюймовку закрыли створчатым щитом и установили на поворотный круг. В начале 1921 г. «Павел Журавлёв» вошёл в состав красной Амурской флотилии.
Состояние судов красной Амурской флотилии на 8 июня 1921 г.:
1. Действующие суда:
Канонерская лодка «Шторм» – четыре 120‐мм в двух башнях, предполагается установка ещё двух 120‐мм.
Канонерская лодка «Ураган» – два 6‐дм.
Канонерская лодка «Вогул» – три 3‐дм орудия, предполагается замена одного 3‐дм орудия одной 8‐дм гаубицей.
Канонерская лодка «Сибиряк» – одну 4,7‐дм (120‐мм) пушку Майдзура и две 3‐дм пушки предполагается заменить одной новой 4,7‐дм.
Канонерская лодка «Калмык» – одну 4,7‐дм (120‐мм) пушку Майдзура и две 3‐дм пушки предполагается заменить 48‐лин. (122‐мм) гаубицей.
Вооружённый пароход «Труд» – одно 3‐дм орудие.
Вооружённый пароход «Мар Варягин» – одно 3‐дм орудие.
Вооружённый пароход «Павел Журавлёв» – одно 3‐дм орудие.
Вооружённый катер «Барс» – одно 37‐мм Маклена, 2 пулемёта.
Вооружённый катер «Тигр» – одно 37‐мм Маклена, 2 пулемёта.
Вооружённый катер «Кондор» – одно 37‐мм Маклена, 1 пулемёт.
Вооружённый катер «Кречет» – одно 37‐мм Маклена, 2 пулемёта.
Вооружённый катер «Сокол» – одно 37‐мм Маклена, 2 пулемёта.
Вооружённый катер «Альбатрос» – одно 37‐мм Маклена, 2 пулемёта.
Примечание: все суда в боевой готовности.
2. Вооружённые суда:
Канонерская лодка «Вьюга» без артиллерии, предполагается установить четыре 6‐дм орудия.
Пароход «Хабаровск» – устанавливаются два 3‐дм орудия.
Пароход «Нерчинск» – устанавливаются два 3‐дм орудия.
Пароход «Москва» – устанавливаются два 3‐дм орудия.
Пароход «Муравьёв-Амурский» – устанавливаются два 3‐дм орудия.