Японцы демонстративно затопили канонерскую лодку «Карел» и посадили на мель башенную лодку «Смерч». С башенных и канонерских лодок они собрали орудийные замки, части двигателей и паровых машин и утопили в Амуре. Механизмы, надстройки и палубы облили соляной кислотой, а орудия заклинили снарядами, обёрнутыми смоченной в кислоте паклей. Привели в негодность казармы, жилые помещения на берегу, землечерпальную машину и плавучий кран в затоне, разграбили мастерские, увезли инструмент и часть станков, разрушили водопровод и отопление. Общая сумма убытков, причинённых японцами флотилии за время интервенции, составила 11 561 528 рублей золотом[34]
.Кроме того, японцы разрушили на всём протяжении железнодорожную ветку из Хабаровска на базу. Рельсы с неё японцы сняли и бросили в Амур.
Весной 1921 г. на Амур по железной дороге был переброшен личный состав расформированной Байкальской озёрной флотилии с четырьмя катерами («Тигр», «Барс», «Рысь» и «Пантера»). Каждый катер был вооружён трёхдюймовой пушкой и пулемётом.
19 апреля 1921 г. в Чите был сформирован штаб Морских сил Дальневосточной республики. Военно-морские соединения ДВР стали именоваться Народно-революционным флотом (НРФ).
Усилиями военных моряков Амура к весне 1921 г. были восстановлены башенные лодки «Шторм» и «Ураган», канонерские лодки «Сибиряк», «Вогул» и «Калмык». В начале навигации из Благовещенска в Осиповский затон прибыли вооружённые пароходы «Труд», «Карл Маркс», «Марк Варягин» и «Павел Журавлёв», а летом 1921 г. НРФ ДВР пополнился ещё двумя боевыми единицами – плавбатареями, переоборудованными из башенных лодок «Вьюга» и «Тайфун» (с них были сняты башни и на палубах установлены 152‐мм орудия).
Состав Амурской флотилии в феврале 1922 г.:
Дислокация судов Амурской флотилии:
Благовещенск, 1‐я бригада – канонерские лодки «Шторм», «Ураган», «Вьюга»; 2‐я бригада – канонерские лодки «Вогул» и «Сибиряк»; дивизион катеров – катера «Барс», «Тигр», «Кречет», «Кондор», «Сокол», «Альбатрос», вооружённый пароход «Труд».
В Екатерино-Никольском – корпуса невооружённых канонерских лодок «Тайфун» и «Киргиз».
С Иннокентьевской – корпуса невооружённых канонерских лодок «Вихрь» и «Зырянин».
В Хабаровске – канонерская лодка «Калмык» и заградитель «Муравьёв-Амурский», корпус невооружённой канонерской лодки «Гроза» (все подорваны красными при отходе из Хабаровска). Землечерпалка, портовый пароход «Павел Журавлёв», плавкран, плавдок, мастерская.
27 января 1922 г. Военсовет приказал для усиления артиллерии Благукрайона срочно поднять всю лёгкую артиллерию судов флота и установить на бронеплощадки, выработав план их использования для обороны Благукрайона. Не могущие быть снятыми по техническим условиям с канонерки «Шторм» четыре 120‐мм пушки Виккерса было приказано оставить, превратив канонерку в позиционную батарею для обстрела южного фронта укреплённого района. Канонерку приказывалось обеспечить от захвата пехотой противника.
24 апреля 1922 г. проведено массовое переименование судов флотилии. Так, «Вьюгу» переименовали в «Свердлов», «Шторм» – в «Ленин», «Ураган» – в «Красный восток», «Шквал» – в «Сун Ят-Сен», «Калмык» – в «Пролетарий» и т. д. Башенные канонерские лодки стали называться мониторами.
Летом 1922 г. китайские бандформирования пытались на пароходах перейти с Сунгари на Амур. Однако их обстрелял из своей единственной трёхдюймовой пушки брандвахтенный пароход «Павел Журавлёв». Китайцы были вынуждены повернуть обратно.
Периодически китайцы из Лахасусу обстреливали пароходы, идущие по Амуру.
В начале сентября 1922 г. японцы начали очищать берега Нижнего Амура. В связи с этим была сформирована Северная группа кораблей НРФ ДВР в составе канонерских лодок «Беднота» и «Красное знамя», вооружённого парохода «Труд» и катера «Биджан». На баржах, которые вёл на буксире пароход «Воевода Толбузин», находились 3‐й батальон 5‐го Амурского полка и 24 всадника Отдельного Читинского эскадрона.
Вечером 18 сентября десант с канонерки «Беднота» занял оставленный японцами Софийск. На следующий день в Софийск прибыл и весь Северный отряд.
1 октября канонерка «Беднота» вошла на рейд города Николаевска. Согласно рапорту командарма «Бедноты» И.И. Вологдина:
«В 15 час. 15 мин. прибыл на рейд г. Николаевска, причём на [двух] японских миноносцах при приближении вверенной мне лодки была поставлена во фронт команда и сыграно «захождение», на что мною было отвечено тем же. Того же числа, в 18 час. на рейд г. Николаевска прибыл пароход «Воевода Толбузин» с баржами, на которых находился десант»[35]
.Оба японских миноносца ушли с Николаевского рейда только 6 октября. В тот же день японские военные суда ушли из Де-Кастри.