…Берия перестал листать “дело” и, вскинув голову, устремил пронзительный взгляд на начальника спецотдела.
— Хорошо… С него уже сняты все обвинения.
— С Серебрянского? — удивился Баштаков.
— А о ком, по-вашему, говорим? — хмуро отреагировал Берия. — В течение ближайшего часа он будет поднят наверх. Направим бумагу на его восстановление во всех правах. Также и в отношении жены».
По согласованию со Сталиным Берия отдал распоряжение освободить из заключения более двадцати сотрудников разведки. Среди них были и Серебрянские.
Согласно постановлению Президиума Верховного Совета СССР от 9 августа 1941 года Яков Серебрянский и его жена Полина были амнистированы. Они вышли из тюрьмы и были восстановлены в партии.
22 августа 1941 года, рассмотрев ходатайство НКВД, Секретариат Президиума Верховного Совета СССР (протокол № 97, дело № 15902) постановил:
«1. Возвратить Серебрянскому Якову Исааковичу ордена Ленина и Красного Знамени с орденскими документами.
2. Ввиду того, что принадлежащие Серебрянскому Я. И. орден Ленина за № 3363 и орден Красного Знамени за № 20171 сданы в переплавку на Монетный Двор, разрешить Отделу по учету и регистрации награжденных взамен их выдать Серебрянскому ордена из фонда очередного вручения.
3. Выдать Серебрянскому Я. И. орденские документы; книжку денежных купонов — с 1.VIII.1941».
Документ подписал секретарь Президиума Верховного Совета СССР Александр Горкин.
Яков Серебрянский был восстановлен в специальном звании старшего майора государственной безопасности и после двухмесячного отдыха и лечения назначен начальником группы во 2-й отдел НКВД СССР, в который 3 октября 1941 года была преобразована Особая группа НКВД СССР.
Кроме Серебрянского во 2-й отдел НКВД СССР были зачислены еще двое его бывших сослуживцев по СГОН: приговоренный к длительному сроку тюремного заключения один из организаторов партизанского движения Иван Каминский и находившийся в Лефортовской тюрьме НКВД специалист по белой эмиграции Петр Зубов.
А несколько позже, по инициативе уже самого Серебрянского, во 2-й отдел были также направлены на работу уволенные в 1938 году из внешней разведки Вильям Фишер (на должность начальника отделения связи) и Рудольф Абель (в опергруппу по обороне Главного Кавказского хребта).
В период Великой Отечественной войны они блестяще проявили себя, принимая участие в разработке и осуществлении оперативных радиоигр с противником, а также руководя подготовкой и заброской в тыл противника специальных разведывательно-диверсионных групп.
О деятельности Якова Исааковича в период Великой Отечественной войны довольно сложно рассказывать, и этому есть несколько причин.
Во-первых, Серебрянский не оставил никаких воспоминаний. Из жизни он ушел, находясь под следствием.
Во-вторых, большинство документов и материалов о разведывательно-боевой деятельности специальных структур НКВД — НКГБ СССР, в которых работал Серебрянский в 1941–1945 годах, до настоящего времени хранятся под грифом «Совершенно секретно». Это же касается и некоторых аспектов деятельности советских спецслужб по проведению оперативно-боевой работы в тот период в странах Восточной Европы.
В то же время отечественные историки Иосиф Линдер и Сергей Чуркин в одной из своих работ несколько приподнимают завесу секретности над деятельностью разведчика: «Серебрянский интенсивно включился в работу, возглавив 3-е отделение 2-го отдела НКВД… Он лично курировал вербовку агентуры для глубинного оседания в странах Западной Европы, а также отвечал за перепроверку разведывательной информации и за дополнительный контрразведывательный контроль в подразделениях НКВД в тылу противника…
Яков Исаакович работал в тесном контакте с Михаилом Маклярским, который возглавил специальное отделение по негласному штату. Отделение курировало спецагентов, проходивших строго индивидуальную подготовку и затем переходивших из разряда секретных сотрудников в оперативников. Одним из таких людей был Н. И. Кузнецов».
К этому следует добавить, что Серебрянский также курировал разведывательно-диверсионную сеть одного из немногих уцелевших секретных сотрудников СГОН Иосифа Григулевича, успешно действовавшего в Аргентине в 1940–1944 годах.
Благодаря активной работе Григулевича и его коллег значительная часть грузов, предназначавшихся для отправки из Буэнос-Айреса в гитлеровскую Германию, была повреждена или уничтожена в результате пожаров в складских помещениях либо отправилась на морское дно вместе
Из воспоминаний Анатолия Яковлевича Серебрянского: «Началась Великая Отечественная война. Меня вместе с тетей Шелли, бухгалтером Наркомата земледелия СССР, направили в эвакуацию. Поселили нас на окраине Омска. Внезапно, в декабре 1941 года, приходит машина, и тетю отвозят в НКВД. Попрощавшись на всякий случай со всеми, она уезжает. Возвращается очень взволнованная. Оказывается, вышедшие из тюрьмы (а для меня — возвратившиеся из командировки) родители разыскивают меня.
Вскоре в Омск приехала мама, и зимой, в начале 1942 года, мы возвратились в Москву.