В крупных городах, таких как Токио, Осака, Фукуока, Саппоро, Киото, Сэндай, Нагоя, Кобе, Хиросима и Иокогама, действует служба метрополитена, представленная как государственными, так и частными линиями. Метро пользуется особой популярностью из-за отсутствия пробок и благодаря тому, что в стране распространены «хабы», своеобразные пересадки из одного транспорта на другой. К тому же линии метро соединяют не только станции между собой, но и небольшие города. Одним словом, Москва с часами пик утром и вечером, кучей веток и картой «Тройка» только немного правее на карте мира.
Несмотря на то, что оплата проезда ближе к европейской – платишь за расстояние или за количество остановок, система все та же. Билет можно приобрести либо в автомате на станции, либо у контролера в кассе. Далее находится турникет. Стены на станциях густо усеяны картами метро как на японском, так и на английском. Турникеты также есть и на выходе, где необходимо предъявить билет. Здесь тоже есть несколько интересных моментов. При входе на турникет машина дырявит билет, а на выходе забирает совсем. И даже если решите проехать несколько лишних станций, везде стоят терминалы у турникетов на выходе, в которых можно доплатить за проезд. Главное, выбрать, сколько человек и куда собираются ехать.
Есть еще полностью автономная транспортная система монорельса, функционирующая в большей части населенных пунктов страны. Однорельсовые железные дороги по праву считаются одними из самых безопасных, ведь управление ими осуществляется интеллектуальной системой, а билеты продаются в роботизированных кассах и терминалах на посадочных платформах. Из панорамных окон монорельса открываются фантастические виды. Одним из самых популярных туристических маршрутов являются экскурсии через Токийский залив на искусственно созданный остров Одайба.
В октябре 1964 года к летней Олимпиаде открылась первая линия Синкасэна («новая магистраль»), по которой между Осакой и Токио с семнадцатью остановками проследовал первый поезд-пуля, преодолевший расстояние в 515 километров за два с половиной часа. Согласно первоначальному плану, поезда-пули должны были курсировать круглосуточно, перевозя грузы и пассажиров, но на сегодняшний момент линии работают с шести утра до полуночи и обслуживают исключительно людей. Параллельно Синкасэну расположены и линии обычных поездов. Колея Синкасэна почти в полтора раза шире обычных японских железнодорожных путей, а максимальная развиваемая скорость поездов достигает 320 км/ч. Поезда популярны как среди туристов, так и у рядовых японцев, которые пользуются ими, чтобы добраться на работу в город из отдаленных мест, пригородов и даже соседних городов.
Страна восходящего солнца – страна гор, поэтому в том, что железные дороги Японии проходят через три с половиной тысячи туннелей общей протяженностью в 1500 километров, нет ничего удивительного. Также транспортное сообщение представлено судоходным транспортом, который бодро курсирует по 450 километрам Внутреннего Японского моря Сэто, соединяя четыре острова. Помимо этого, острова соединяют многочисленные подводные туннели и мосты. Необходимость в строительстве самых крупных и сложных из них возникла после нескольких инцидентов, когда во время шторма паромы переворачивало и гибли сотни людей. Так, в 1954 году в проливе Цугару перевернулся паром, что послужило причиной гибели около тысячи человек, а в 1955 году затонули два парома в проливе Акаси, число жертв насчитывало около 170 человек.
Трехъярусный подводный туннель Канмон, приспособленный для пешеходного, автомобильного и железнодорожного движения, был построен в 1942 году и соединяет Хонсю и Кюсю. После войны к нему добавился второй, под названием Синканмон, из-за того что Канмон перестал справляться с интенсивным дорожным потоком. Самым длинным туннелем в мире является Сэйкан, соединяющий острова Хонсю и Хоккайдо через пролив Цугару. Сам туннель в длину составляет 54 километра, 23 километра из которых расположены на глубине 100 метров. В свое время возник вопрос о рентабельности подобного моста, и ему искали альтернативные применения, как, например, использовать его в качестве гигантского нефтехранилища, аттракционов для туристов или же как плантацию для разведения шампиньонов.
Самыми большими двухъярусными мостами в мире признана как раз система Сэто-Охаси, которая соединяет Хонсю и Сикоку, на нижнем ярусе расположены железнодорожные пути, а верхний ярус приспособлен для автомобильного движения. А самым длинным висячим мостом в мире, к тому же занесенным дважды в Книгу рекордов Гиннесса, является Акаси-Кайкё. Он пересекает пролив Акаси и соединяет города Кобе, расположенный на острове Хонсю, и Авадзи – на одноименном острове.