Если в стране много вооруженных людей — рано или поздно звон клинков на рассвете заглушит пение сборщиков риса. Во второй половине XII века враждебные отношения между двумя примерно равными по силе кланами, каждый из которых стремился установить свое главенство во влиянии на императора, привели сначала к проникновению буси в Киото, где они оседали большими группами и с неясными намерениями. А затем, после длительных интриг, отравлений, казней и ссылок, клан Минамото подмял под себя ситуацию и стал главной опорной силой власти — именно силой, реальной и готовой к действию. Это не понравилось соперникам из Тайра, которые претендовали на разделение этого влияния. В жестокой битве этой первой из множества в гражданской войне Тайра одержали верх и в полной мере воспользовался плодами своей победы и узурпировали высшие посты государства. Тайра Киёмори выдал дочь замуж за представителя царствующего дома, а в 1180 году малолетний внук всё того же Киёмори занял трон в качестве небесного владыки. Созрел заговор аристократов, которые обратились к окрепшему клану Минамото за помощью в восстановлении привычного порядка: угроза полной смены аристократии была совершенно очевидной. В ходе кровавой Генпейской войны, длившейся 5 лет, Минамото Ёритомо нанес сокрушительное поражение старому сопернику — клан Тайра был уничтожен практически полностью…
После тяжелой и кровопролитной междоусобицы власть крайне нуждалась в управляемой и реальной военной силе. Руководствуясь этой потребностью, император в 1192 году присвоил Минамото Ёритомо титул сейи тай сёгун — великий полководец, покоряющий варваров. Помимо того, что первый из сёгунов был назначен главным в стране военным, ему же было поручено возглавить «шатровое» правительство «бакуфу», созданное специально для приведения страны к порядку, а выполнить эту задачу можно было только силой преданного правителю и легитимного в глазах всех японцев войска. Среди полномочий сёгуната было право обращать оружие против всех, кто будет представлять угрозу для монархии, поддержание порядка в рядах самурайского сословия — что автоматически подразумевало разрешение споров по вопросам земельных владений, постоянного притока налогов и рентной платы. Чтобы дать возможность сёгуну эффективно выполнять свои обязанности, двор ввёл практику назначать высокопоставленных воинов на должности военных наместников. Эта вновь введенная должность была параллельной традиционной должности гражданских губернаторов провинций. Кроме того сёгуну помогали его вассалы-самураи, которые были управляющими земельных владений по всей стране — с ними сёгун расплачивался натуральным продуктом, рисом и сушеной рыбой. Местом своей резиденции первый сёгун избрал город Камакура.
Более ста лет этот сёгунат обеспечивал стабильность и спокойствие. Однако вскоре наступили неспокойные времена. Необходимость защиты Японии от монгольского вторжения потребовала значительных затрат людских сил, финансов, времени. Экономическое благополучие сменилось трудностями, с которыми сёгунат не мог справиться. В 1333 году представитель боковой ветви клана Минамото, Асикага Такаудзи, военный наместник одной из крупных провинций, совершил первый в истории страны правительственный переворот: сёгунат остался, но состав его сменился. В 1388 году, после довольно долгого размышления, небесный владыка утвердил Такаудзи в должности сёгуна.
Однако пример оказался заразительным, и в XV веке шаткое равновесие между сёгунатом Асикага (он обосновался в Киото, поближе к императору) и могущественными военными наместниками нарушилось. Множество соперников одновременно начали борьбу за военную гегемонию, началась кровопролитная и разрушительная Онинская война, длившаяся десять лет, с 1467 по 1477. Война лишила власти практически всех, у кого она была, превратила Киото в обгоревшую помойку, положила начало периоду раздробленности и войны всех против всех, известного в японской истории под названием «эпоха Сенгоку». Правительство существовало лишь номинально, император был нищ и убог. Вне Киото местные правители, владетельные князья, получившие наименование даймё, собирали под свои знамена самураев, устанавливали собственный контроль над территорией и населением, устанавливали собственные нормы налогов, возводили собственные укрепленные замки. В общем, управляли собственными уделами как независимыми государствами… и всех имели в виду. Каждый из них верил только в собственную военную силу и уповал на слабость соседа, имуществом и землями которых можно было бы поживиться. Своего пика ситуация достигла к середине XVI века, когда владения множества даймё сильно напоминали лоскутное одеяло, покрывшее Японские острова.