Это донесение пришло в Токио в 8 часов утра 27 августа. Встревоженное серьезностью ситуации, японское правительство распорядилось, чтобы Комура отложил следующую сессию на день, и созвало совместное совещание гэнро — членов кабинета в доме гэнро Ито. Ито, Ямагата и Иноуэ, премьер-министр и исполняющий обязанности министра иностранных дел Кацура, военный министр Тэраути, военно-морской министр Ямамото и вице-министр иностранных дел Тинда совещались до полуночи и после нескольких часов перерыва собрались снова рано утром на следующий день.
Японские руководители, которые пришли на это чрезвычайное собрание, чтобы сделать выбор между миром ценой уступок и войной, по сути дела, не имели выбора. Отъезжая в Портсмут, Комура определил четыре необходимых условия для укрепления военного положения и получения Японией выгодной позиции на переговорах: 1) нанести удар против вновь прибывших российских войск под предводительством командира Линевича; 2) получить новые иностранные займы на сумму 300 миллионов иен, чтобы покрыть расходы; 3) уничтожить вооруженные силы России в Северной Корее; 4) полностью оккупировать весь Сахалин. С большим трудом Япония смогла обеспечить выполнение второго и четвертого условий, но мирные переговоры начались прежде, чем она занялась достижением двух других. Уже по этой причине политики были хорошо осведомлены об уязвимости дипломатической ситуации Японии, а также о том, что ход мирных переговоров не внушает оптимизма.
Сразу после отъезда Комуры глава штаба Ямагата уехал в Маньчжурию. 21 июля он прибыл в Мукден, и командующий Ояма доложил ему о военной ситуации. На следующий день он лично проверил положение дел на передовой и 25 июля устроил совещание, на котором присутствовали Ояма, глава штаба Кодама и командующие Куроки, Оку, Ноги, Нозу и Кавамура.
Очевидно, что военные перспективы Японии были безотрадными. На тот момент армия России была в три раза сильнее японской. В то время как японская армия управлялась в основном офицерами запаса, так как большинство кадровых офицеров было убито или ранено, российская армия в основном состояла из первоклассных военных, недавно прибывших из Европы.
Боевой дух противоборствующих сторон также полностью изменился. Командир Линевич честно и прямо телеграфировал царю, чтобы договоренности о мире не достигали, пока военная ситуация в Маньчжурии остается очевидно выгодной для России. Куропаткин вспоминал: «Никогда за всю историю войн России она не выставляла на поле сражения столько войск, сколько находилось в 1-й, 2-й и 3-й маньчжурской армиях в августе 1905 года». Тем временем провоенная фракция вокруг царя с каждым днем становилась все больше, требуя немедленного прекращения мирных переговоров.
Со стороны Японии главнокомандующий Мань чжурской армией Кодама, раздраженный медленным проведением переговоров, срочно телеграфировал своему правительству, чтобы оно скорее заключило мир. Военно-морской министр Яматото отчаянно подталкивал к уступкам во имя заключения мира.
Поэтому на собрании было решено, что Япония должна заключить мир прежде, чем военная ситуация в Маньчжурии ухудшится окончательно. В связи с этим 28 августа в 2 часа пополудни состоялось совместное совещание гэнро, кабинета и высших военных чинов с присутствием императора. На конференции сперва спросили мнение тех, кто обычно воздерживался от высказываний. Военный министр Тэраути заявил, что из-за нехватки офицеров война не может больше продолжаться и что сражаться по ту сторону линии Чангчун нельзя, так как все сообщение с этой линией перерезано. Министр финансов Соне доложил, что продолжать войну невозможно, потому что Япония не может найти дополнительных источников для ее финансирования. Его мнение поддержали Мацуката и Иноуэ. Ямагата также согласился, что единственный выход — это заключение мира. Заседающие доложили императору, что с учетом военного и финансового положения Японии у них нет иного выхода, кроме заключения мира.
Японское правительство послало в связи с этим Комуре следующие инструкции: