«Нихон сёки» сообщает обо всем этом гораздо подробнее. Рассказчик уделяет внимание каждому из подручных Нагасунэбико и тому, как именно Дзимму и его войско сумело их победить. В этих историях появляются темы, которые в дальнейшем будут повторяться в новых повествованиях, например мотив противостояния близнецов, один из которых оказывается добрым, а другой злым. Вскоре после вступления в Ямато Дзимму встречается с двумя братьями — Ёсики и Отосики. Они соглашаются принести ему клятву верности в большом зале дома Ёсики. Отосики втайне приходит к Дзимму и сообщает, что Ёсики приготовил ловушку: в потолке зала спрятана груда камней, которая обрушится на принца во время церемонии и убьет его. Дзимму посылает своих людей разведать, так ли это. В последовавшей схватке Ёсики случайно запускает механизм ловушки и погибает в ней сам. Отосики приносит честную клятву верности и становится одним из военачальников Дзимму.
Другой мотив, который станет повторяющимся в дальнейшей литературе, — рассказ «Нихон сёки» о том, как Дзимму одержал победу с помощью переодевания. Он собирался обойти гору Кагуяма, но обнаружил, что проходы блокированы войсками Нагасунэбико. Принц распоряжается, чтобы Сиоцути и Отосики приняли обличие старика и старухи. Под таким прикрытием пара идет к горе, выдавая себя за паломников, которые хотят помолиться божеству Кагуямы. Вражеские воины хохочут и издеваются над нищими стариками, но дают им пройти. Пройдя заставу, Сиоцути и Отосики похищают с горы священную глину и возвращаются к Дзимму. Из глины принц делает кубок и с его помощью гадает на свою победу.
В обеих версиях кульминационным моментом вступления в Ямато становится битва на вершине Кагуямы. Войска Нагасунэбико рассредоточены по плоской широкой верхней части горы, а отряд Дзимму атакует прямо, наступая с окружающей равнины. Принц лично возглавляет наступление и без особых трудностей сражает Цутигумо. В обеих хрониках он воспевает свою победу в нескольких песнях. Они насыщены похвальбой в честь его мастерства обращения с мечом и того, как быстро он разгромил Нагасунэбико. Песнопения эти стали ритуальными и получили название
Первый император Японии вступил на престол в первый день нового года, после усмирения Ямато. Он выстроил дворец на северо-восточном склоне горы Унэби, еще одной из Трех Священных Гор Ямато. Современный храм Касихара в префектуре Нара был построен поверх того места, где, предположительно, находился дворец Дзимму.
Первое, что сделал Дзимму, став императором, — занялся поисками подходящей жены. Хотя в Химуке он был женат, теперь ему нужна была супруга, по происхождению достойная статуса наследника Аматэрасу. До него дошли слухи о красавице внучке местного правителя, которую зачали при весьма странных обстоятельствах. Несколько десятилетий назад дочь этого правителя испражнилась в реку, которая текла с горы Мива, еще одной священной горы, расположенной к востоку от котловины Нары (но не входившей в число Трех Священных Гор Ямато). Девушку увидел бог этой горы по имени Моносиронуси
Моносиронуси понравилась эта девушка. Он превратился в красную стрелу, пролетел сквозь поток и попал точно в ее гениталии. Она вскочила, и в следующее мгновение бог обернулся прекрасным мужчиной и склонил ее к любви. От этого союза родилась поразительной красоты девочка по имени Химэтатара-Исудзу-химэ
Дзимму правил 76 лет, пока ему не исполнилось то ли 160, то ли 170 лет (здесь хроники расходятся). После смерти тело положили в первый императорский мавзолей. Считается, что это гробница у подножия горы Унэби, неподалеку от его дворца. Примечательно, что древних насыпей-гробниц нет нигде в районах, которые старинные хроники называют местом его захоронения. Одна поддельная гробница была возведена в конце XIX века в рамках государственного синтоизма, проекта, который закончился вместе со Второй мировой войной.