В 1463 г., когда полная потеря политической самостоятельности стала для Ярославля уже неизбежной, последний удельный князь Александр Федорович, по прозвищу «Брюхатый», и духовенство Спасского монастыря предприняли слабую попытку усиления авторитета местного княжеского рода. Они инсценировали торжественное открытие «чудотворных мощей» родоначальника дома ярославских князей Федора Ростиславича (Черного) и его сыновей Давида и Константина, захороненных в монастыре на рубеже XIII–XIV вв. Неумелую нарочитость этой затеи с иронией отмечал московский летописец: «… сии бо чюдотворцы явишася не на добро всем князем ярославским: простилися со всеми своими отчинами на век, подавали их великому князю Ивану Васильевичу, а князь велики против их отчины подавал им волости и села». В 1467 г. Федор Черный и его сыновья были все-таки канонизированы в качестве очередных святых русской церкви, что необычайно упрочило положение Спасского монастыря. Изображения князей и события их жития стали частым сюжетом в ярославском искусстве XVI–XVII вв. Наиболее ранними из таких произведений являются надгробная пелена 1501 г., вышитая «замышлением и потружением» невестки последнего ярославского князя (ГИМ), и икона «Ярославские князья Федор, Давид и Константин», с 36 клеймами, в которых изображены сцены из их жизни в Золотой Орде и Ярославле (XVI в., Ярославский музей).
Договорная грамота между Иваном III и Александром Федоровичем в 1463 г. формально закрепила уже традиционную вековую зависимость Ярославля от Москвы и мало чем изменила положение города. Такое спокойное, без борьбы и крови, включение Ярославля в состав Русского государства сыграло решающую благоприятную роль в его дальнейшем развитии. Характерно, что город еще некоторое время сохранял отдельные привилегии столицы удельного княжества, в частности право чеканки монет.
За период существования самостоятельного удельного княжества, длившегося после монгольского нашествия два с четвертью века, история Ярославля мало известна. Ясно лишь, что напряженная обстановка антиордынских народных восстаний, княжеские междоусобицы, отсутствие у ярославских удельных князей сколько-нибудь широких политических притязаний и постепенное «захудание» местного княжеского рода не благоприятствовали развитию строительного искусства. Монументальные памятники второй половины XIII–XV вв. здесь неизвестны.
Художественная жизнь Ярославля, как и Ростова Великого, не замирала, однако, даже во времена татаро-монгольского ига. Об этом свидетельствуют произведения иконописи и миниатюры, сохранившиеся до наших дней. Крупнейшим центром культуры и искусства Ярославля оставался Спасский монастырь. Его великолепное рукописное Федоровское евангелие 1321–1327 гг. (Ярославский музей), очевидно вклад ростовского епископа Прохора, выходца из Спасского монастыря, свидетельствует об утонченном художественном вкусе местных феодальных кругов, о сохранении здесь лучших традиций домонгольского наследия. Украшенная изящными цветными заставками и инициалами, рукопись имеет две роскошные миниатюры, изображающие: одна — воина Федора Стратилата и другая — Иоанна, диктующего Прохору, обе с характерным тонким узорочьем красочного орнамента. Федор Стратилат, очевидно патрон умершего в начале XIV в. ярославского князя Федора Черного (илл. 3), одет в парадную воинскую одежду и опирается на длинное копье. За его спиной на поясе висит меч, в руке — щит с изображением барса, родового знака владимиро-суздальских князей.
Фигура воина, защитника и освободителя, — один из самых распространенных мотивов в древнерусском искусстве эпохи татарского ига. Не случайно этой же теме посвящена и икона, на которой представлен торжественный и строгий архангел Михаил в яркой праздничной, богато орнаментированной одежде. Икона была 'написана на рубеже XIII–XIV вв. для одноименной церкви (ГТГ).