Уже после закрытия университета вышел единственный выпуск его «Ученых записок», где Конрад опубликовал перевод японского памятника XIII в. «Записки из кельи» и статью о нем, это первая его публикация после 1913 г. Выбор именно этого памятника явно не случаен. Его автор Камо-но Тёмэй, придворный, ставший монахом, жил в эпоху, когда власть в Японии перешла от утонченного императорского двора к суровым и малообразованным воинам – самураям. В статье Конрада впервые проявилась черта, свойственная ему и позже: говоря о минувших эпохах, иметь в виду и современность: «Наступали мрачные и величественно-ужасные времена японской истории… Вместо усвоенной и претворенной культурности, широкой просвещенности и гуманитарной образованности – огрубение, одичание, упадок… А кругом достойный фон: разоренная страна, поредевшее население, всеобщее огрубение и распад привычных уже моральных, общественных и политических устоев». Очевидно, что речь идет не только о Японии начала XIII в.
Уход от мира автора «Записок» явно импонирует Конраду: «Пусть это знаменует, влечет за собою отказ от привычных условий, жизненных удобств, даже от многих потребностей, зато свобода, независимость, отсутствие необходимости или укладываться в общее русло, в общие рамки жизни, или влачить жалкое существование лишнего человека. Свобода и независимость, последование только одному себе». Случайно ли из Орла Николай Иосифович ездил в Оптину пустынь, где разбирал бумаги умершего в годы гражданской войны монаха-востоковеда (статья «Синолог из Оптиной пустыни» также будет опубликована лишь в 1996 г.)? Но уход от жизни для себя был отвергнут: слишком живым и деятельным человеком был Конрад.
Рассуждения про «Записки из кельи» также типичны для настроений русских либеральных интеллигентов тех лет. Вслед за коротким периодом увлеченности кадетами или эсерами наступило полное разочарование во всем, а в окружающем виделись, прежде всего, «всеобщее огрубение и распад устоев». Тут, однако, могло начинаться и различие во взглядах. Одни интеллигенты видели только «огрубение и распад», такая точка зрения означала либо эмиграцию, либо «существование лишнего человека». Конрад не хотел ни того, ни другого, да и некоторые его высказывания и 1917 г., и более поздних лет свидетельствуют о наличии у него исторического оптимизма. И он, как и та часть интеллигенции, которая хотела работать на своей родине, уже в 1921 г. писал о временах, не только «мрачных» и «ужасных», но и «величественных», а про самураев (власть которых продержалась в Японии с 1192 по 1868 гг.) сказано: «Здесь – сила, зато сила первобытная, неудержимо бьющая, обещающая много, но пока еще такая варварская». Оставалась надежда на уменьшение варварства, тем более что обстановка в стране по окончании Гражданской войны давала для этого основания.
В 1922 г. Конрад вернулся в Петроград и работал в этом городе до ареста в 1938 г. Одновременно после закрытия Орловского университета уехала туда доучиваться студентка Конрада Наталья Исаевна Фельдман, которая через несколько лет станет его женой. Брак окажется очень удачным: Н. И. Фельдман сама стала видным японистом и много помогала мужу в трудные его годы.
К моменту возвращения Николая Иосифовича в Петроград там почти не осталось японистов: кто умер, как О. О. Розенберг, кто оказался за границей, как Н. А. Невский и С. Г. Елисеев, кто жил далеко, как Е. Д. Поливанов, заброшенный судьбой в Ташкент. Конрад сразу же занимает главное место в этой дисциплине: уже в 1922 г. он стал заведующим двумя японскими кафедрами в университете и учебном Институте востоковедения имени А. С. Енукидзе (в последнем вузе он одно время был и проректором); после создания в 1930 г. академического Института востоковедения он там заведовал японским кабинетом. В 1934 г. он первым среди японистов стал членом-корреспондентом АН СССР.