При рассмотрении японского языка разные привычки носителей русского языка вступают в противоречие: в «нормальном» языке должны быть, с одной стороны, падежи, с другой стороны, грамматическое оформление слова. То и другое совмещалось в концепции падежного словоизменения, которая никогда не приходила в голову англоязычным японистам. Однако понятие падежа в японском языке устояло ценой отказа части российских японистов от общелингвистического определения падежа, слишком ориентированного на особенности языков с развитым словоизменением. Для лингвиста, исходящего (может быть, и бессознательно) из русского языка как точки отсчета, кажется естественным случай, когда и в исследуемом языке слово «оформлено», если имеет в своем составе грамматические аффиксы. Если же такого аффикса нет, то более естественным может казаться трактовка его отсутствия как нуля, чем как совпадения слова с основой. А для носителя другого языка «оформленность» слова — вовсе не обязательный его признак; как мы видели, Мейе считал ее экзотикой, для него естественнее было отсутствие словоизменения.
Влияние родного языка может проявляться и в фонологии. Общепризнанно, что в фонологической системе русского языка важнейшее место занимает противопоставление согласных фонем по наличию — отсутствию признака палатализации (мягкости). Нас этому учат с первых классов школы, рассказывая о том, что русские согласные разделяются, во-первых, на твердые и мягкие, во-вторых, на звонкие и глухие (прочие их дифференциальные признаки в школе не рассматриваются). Но если признак звонкости-глухости встречается в огромном количестве языков мира, включая английский, то признак твердости-мягкости (в научной терминологии непалатализованности-палатализованности) не особенно част в мире, в том числе на фонологическом уровне его нет во многих европейских языках. Но есть серьезные основания относить японский к языкам с палатализацией, которая, как и в русском языке, проходит через всю систему согласных. В России, начиная с Поливанова, такая точка зрения господствует и отражается в разработанной этим ученым кириллической транскрипции японских слов. Однако англоязычные японисты не замечают мягких согласных и трактуют разные элементы единой системы по-разному. Некоторые из японских палатализованных согласных имеют более заднюю («шепелявую») артикуляцию, которая воспринимается в России как дополнительный, а в США как основной признак. Отсюда последовательностям
Два приведенных примера из области японистики показывают, что базовый язык, ощущаемый как эталон «нормального» языка, может дать (в рассматриваемом случае одному и тому же исследователю — Поливанову) и верную, и неверную подсказку. Со временем влияние национальной традиции может ослабевать, как это произошло с трактовкой японских падежей. Но признания палатализации в англоязычной японистике не произошло: слишком мало там знают российскую лингвистику и русский язык.
Различия видны и в синтаксисе. В отечественной традиции синтаксис обычно понимается как совокупность слов (членов предложения) и синтаксических отношений между ними. Еще в школе нас учат проводить стрелки от главного слова к зависимому; такое представление синтаксической структуры называют грамматикой зависимостей. Направление анализа — от слова к предложению, а порядок слов существенной роли не играет: при изменении порядка синтаксические связи остаются теми же самыми. В западной науке такое представление структуры предложения встречается, его изображения с помощью стрелок называют «графами Теньера», поскольку их предложил французский лингвист Люсьен Теньер (1893–1954); он был славистом, изучал работы русских лингвистов и мог использовать их идеи.