Установлено, что как записка, так и телеграмма были уничтожены. Освальд же был убит Джеком Руби в то время, когда он содержался под стражей в полицейском управлении Далласа. Сразу же после убийства Освальда специальный агент, возглавляющий отделение ФБР в Хьюстоне X. Гордон Шанклин вызвал в свой офис Хости и приказал ему уничтожить рукописную записку, которую оставил для него Освальд 9 ноября. Также было приказано уничтожить докладную записку об Освальде, написанную Хости тотчас же после того, как Освальд был схвачен. Хости немедленно исполнил приказ.
Тем не менее, выясняется, что Гувер хотел избавиться от Хости и обвинил его в том, что тот якобы недосмотрел за Освальдом. В 1975 году Хости перешёл на работу в городское полицейское управление Канзас-Сити, куда он пригласил репортёра и рассказал ему о том, что произошло. Это побудило представителя от Калифорнии, Дона Эдвардса, из Юридического комитета Палаты представителей конгресса США провести слушания о взаимоотношениях Хости с Освальдом и Освальда с Гувером. Но это кончилось ничем, потому что Гувер к тому времени уже умер (некоторые говорят, что он был убит), а соответствующие документы ФБР были изъяты и уничтожены. Это было практически повторением того, что случилось на квартире Дэвида Ферри в Новом Орлеане, в которую кто-то проник и вынес всё, что могло показаться подозрительным.
Следователи Гаррисона шли по следу Клея Шоу в поиске новых свидетельств, которые могли бы привести их к цели – раскрытию убийства, но заговорщики пронюхали о том, что происходит, и прежде чем Гаррисон смог заявиться к Шоу с ордером на арест, Бэннистер, Освальд и Ферри погибли при очень странных обстоятельствах. Сыщики Гаррисона раскопали, что Джек Руби (настоящее имя – Джэк Рубинштейн) был осведомителем ФБР в Чикаго и был хорошо знаком с Бэннистэром. Смерть Ферри была официально классифицирована как «самоубийство». Так ушли из жизни главные свидетели, которых могли заставить дать показания против Шоу. Но Гаррисона это не остановило.
6 февраля 1966 года, когда затянувшийся отбор присяжных заседателей был закончен, начался судебный процесс по делу Клея Шоу. Перед Гаррисоном стояла задача доказать, что «Клей Бернард» (Clay Bernard) на самом деле являлся Клеем Шоу. Главный свидетель, Перри Руссо, свидетельствовал, что он слышал как Шоу и Ферри обсуждали детали планируемого убийства Кеннеди. Когда же окружной прокурор попытался предъявить решающее доказательство (Протокол ареста Клея), судья, участвовавший в рассмотрении дела, Эдвард Хэггерти, отказал ему в этом. Он также не позволил высказаться офицеру Хабигхорсту (Habighorst), производившему арест. До настоящего времени не существует ни одной юридически обоснованной причины, по которой судья Хэггерти мог бы лишить Хабигхорста права выступить в качестве свидетеля или воспрепятствовать представлению Протокола ареста. Незадолго до своей смерти судья Хэггерти рассказал репортёру телеканала WLAE TV Стивену Тайлеру, что он убеждён в том, что Шоу говорил в суде неправду. «Шоу откровенно лгал, он играл на доверии жюри присяжных», – сказал Хэггерти. Если бы Хабигхорсту позволили дать свои показания, он бы рассказал присяжным, что 1 марта 1967 года, когда Шоу было предъявлено обвинение, Хабигхорст спросил, использовал ли он когда-либо псевдонимы. Как это ни удивительно, но Шоу сказал: «Клей Бернар», и его ответ был запротоколирован.