На этом месте люди жили с незапамятных времен. Археологам удалось обнаружить следы человеческой деятельности времен неолита и более поздние кельтские поселения. В I веке до Рождества Христова сюда пришли римляне, основавшие город под названием Комплутум. После падения Римской империи латинское слово прижилось в уменьшительном «народном» названии Алькалы — Комплутенция.
Город славился огромным количеством аистов и необычными святыми покровителями. Его охраняли в небесах два маленьких мальчика — святые Пастор и Хусто, в честь которых построили собор Святых детей — главную церковь Алькалы. Когда-то, более тысячи лет назад, в 306 году, их замучили на этом месте за исповедание христианства. Сей жестокий поступок был совершен по приказу безбожного императора Диоклетиана.
Во времена Лойолы алькальскую церковь Святых детей знали во всей Испании. В ее часовне крестили инфанту Каталину, позже английскую королеву, которую когда-то юный Иньиго называл дамой сердца (по крайней мере вполне мог называть). Город получил имя Алькала со времен мавританского завоевания, когда мавры возвели высокую башню
Славу Алькала-де-Энарес принесли вовсе не церковь и не инфанта Каталина, а мощный научный центр. Там проживали прославленные ученые мужи, туда сходился цвет испанского юношества, желающего посвятить себя наукам. Мудрый и неутомимый кардинал Франсиско Хименес де Сиснерос, украшение и оплот испанской церкви, самолично повелел устроить в Алькале университет и немало поспособствовал тому, чтобы в город съехались достойнейшие из достойных профессоров. Сам Антонио Небриха, по чьему учебнику учился Лойола, также работал в Алькале. И наконец, именно здесь вышло в свет первое издание Библии в виде полиглотты — знаменитая Комплютенская Полиглотга
Фундаментальный научный труд вышел в шести томах количеством 600 экземпляров — тираж для начала XVI века весьма изрядный. Большую часть отправили в Италию, дабы разослать по монастырям с учебной целью. Решение оказалось неудачным — корабль потерпел крушение, книги погибли. Несмотря на потери, оставшегося количества хватило на то, чтобы Комплютенская Полиглотта стала образцом для последующих многоязычных библейских изданий. До наших дней дошло 97 экземпляров этого примечательного труда.
Маленький городок близ Мадрида Алькала-де-Энарес оказался причастным и к другим историческим и культурным событиям, например к открытию Америки. В начале 1486 года именно здесь произошла встреча Христофора Колумба с царственной четой — Изабеллой и Фердинандом, завершившаяся поддержкой его экспедиции. В Алькальском университете учились Лопе де Вега, Кеведо, Кальдерон и Тирео де Молина. Из этого города родом и самый известный испанский писатель — Мигель де Сервантес Сааведра. По легенде, наш герой послужил прообразом его знаменитого Дон Кихота.
Версия эта не лишена правдоподобия. Лойола, учившийся в Алькале за 20 лет до рождения Сервантеса, оставил о себе яркие и противоречивые воспоминания. Будучи ребенком, великий писатель наверняка слышал множество баек о будущем святом (Игнатия канонизировали лишь в 1622 году, уже после смерти Сервантеса). Образ пылкого и чудаковатого рыцаря Господня, каким являлся тогда Лойола, вполне созвучен «хитроумному идальго».