Наконец, власти воспользовались поводом, чтобы двинуть и старое дело против о. Илиодора. Судебный следователь по особо важным делам округа Саратовского окружного суда возбудил против священника дело по знаменитой ст.129 Угол. Улож. (пропаганда революции, неповиновения властям и вообще тяжких преступлений) за разные речи, произнесенные на царицынской земле, начиная с 25 ноября 1907 г. Едва ли тут обошлось без пресловутой речи, в которой о. Илиодор неуважительно отозвался о пророке Магомете. В общем, как и в первом случае, священник привлекался к ответственности не за действия, а за неосторожные слова.
В дальнейшем список инкриминируемых о. Илиодору статей был расширен стараниями губернатора гр. С. С. Татищева, который 4.X переслал прокурору Саратовского окружного суда восемь докладов Бочарова и некоторые другие документы.
Дело по ст.129 выглядело более опасным для обвиняемого, чем первое. 17.XI судебный следователь по особо важным делам сообщил консистории, что приступил к следствию. Вскоре следователь А. В. Вишлинский и прокурор Е. А. Богданов прибыли с этой целью в Царицын.
Однако планы судебных властей были нарушены в том же ноябре 1908 г., когда конфликт между Бочаровым и о. Илиодором был разрешен соглашением П. А. Столыпина и П. П. Извольского — перевести из Царицына и полицмейстера, и иеромонаха. Решение Св. Синода о переводе о. Илиодора в Минскую епархию состоялось 27.XI. А 1.XII вице-губернатор П. М. Боярский телеграфировал гр. Татищеву в Петербург: «Доверительно сообщаю: Миндер получил от Веревкина распоряжение Щегловитова — дела Илиодора направить [на] прекращение». По этой сложной цепочке был передан приказ, который сам о. Илиодор, едва ли ошибаясь, приписывал Высочайшей воле.
Распоряжение министра юстиции быстро остудило боевой пыл судебных властей. Первым закрыли дело по ст.129 — решением Саратовской судебной палаты от 13.II.1909 согласно заключению подлежащего прокурора. В мае прокурор Саратовского окружного суда направил к прекращению самое, казалось бы, бесспорное дело — об избиении Эрастова.
О нелепом деле по ст.286 и газеты, и администрация как-то позабыли. Но царицынский следователь 3-го участка, в отличие от своих саратовских коллег, отступать не собирался. 1.VI.1909 он сообщил благочинному, что о. Илиодор привлечен им к ответственности по этой статье и что с него взята подписка о невыезде из Царицына. К тому времени Государь успел повторно помиловать иеромонаха, отменив перевод в Минск. Но псарь не желал следовать примеру царя и передал дело в местное отделение Саратовского окружного суда.
Обвиняемый отнесся к этой опасности легкомысленно. Подписку о невыезде откровенно игнорировал, а на судебное заседание даже не явился. Дело назначили к слушанию утром в праздник Знамения Пресвятой Богородицы (27.XI.1909), и о. Илиодор, не любивший пропускать праздничные и воскресные богослужения, предпочел остаться в монастыре: «Мне как служителю алтаря приличествовало более находиться пред престолом Всевышнего Судии, а не в зале суда пред земными судьями».
Пока слушалось его дело, о. Илиодор, как ни в чем не бывало, служил Литургию и молебен. Но в проповеди не умолчал о беспокоившем его вопросе: «Мы вот здесь молимся и беседуем, а за стенами Окружный Суд заочно судит духовного пастыря православной церкви, стоящего за православную веру. Какие это судьи и слуги Государя, когда они с гордостью и самолюбием судят не по закону. Государь это дело прекратил, а они его подняли. Но судьи тут не виноваты, а виноват тот, кто поднял это дело».
Тем временем суд в составе председателя А. Г. Найденова, членов суда С. С. Модестова и почетного мирового судьи А. А. Репникова в публичном судебном заседании без участия г.г. присяжных заседателей слушал дело о. Илиодора. Репникова подсудимый считал своим «личным врагом». Суд постановил: «иеромонаха Илиодора, 29 лет, подвергнуть аресту на один месяц». Памятуя и о луцком приговоре, суд признал, что имеет место совокупность проступков по 152 ст. Улож. о Наказ., и потому объединил оба наказания, признав старый приговор поглощенным новым.
На первый взгляд наказание выглядит очень мягким: ст.286 предусматривала тюремное заключение сроком от 2 до 4 мес. Однако в самой же этой статье предлагается замена наказания денежным штрафом для лиц, действовавших в опьянении или по неразумию. Тем более судьи могли бы сделать скидку ввиду крайнего душевного потрясения, в котором находился о. Илиодор, обзывая полицию «собаками» и «разбойниками». Несомненно, монах-нестяжатель вновь отказался бы платить штраф, и дело все равно кончилось бы арестом. Но судьи предпочли закрыть глаза на обстоятельства совершения преступления.