Хотя потребность в основании университета была очевидной, его также можно назвать первым политическим ходом против папского влияния на внутреннее управление королевства. Конкордат матери Фридриха Констанции с Иннокентием III, передающий власть над епископскими кафедрами в руки Папы, сделал спор за инвеституру неизбежным. На Сицилии, как и в Германии, епископы занимали ключевые посты в государственном аппарате. Теперь, по крайней мере, теологическое образование находилось под контролем государства. Фридрих лично очень ценил старую юридическую школу Болоньи, но не хотел терпеть в своем образцовом государстве царивший там дух свободы и демократии. Двадцать один архиепископ и 124 (!) епископа Сицилии не могли ни в какой мере сравниться с их немецкими «коллегами», могущественными имперскими князьями, однако это были различия скорее степенные, чем принципиальные. Из-за этих разногласий, начавшихся уже с первыми политическими шагами 14-летнего Фридриха, обострились отношения с Папой Гонорием, даже несмотря на умелое ведение переговоров уже упомянутыми доверенными лицами с обеих сторон. Это «нормальное» развитие отношений между императором и понтификом приняло еще более опасное направление из-за действий Фридриха против «духа Болоньи», который, по его мнению, способствовал стремлению к независимости. Для того, чтобы прочно связать отсталое немецкое государство с сицилийским чиновничьим, кайзер не должен был упускать из виду ломбардскую «имперскую Италию», а также путь по суше из южной Италии на Север. Территории марки Анкона и герцогства Сполето оставались спорными землями после занятия их в 1198 году папскими войсками. Меж тем, главную проблему представляли верхнеитальянские города, некогда упрямые противники императора Фридриха Барбароссы, который с трудом смог установить в них некоторые имперские права после долгой войны с организованной в Милане в 1183 году Ломбардской лигой, заключив мир в Констанце. В течение четырех веков империя подвергалась жесточайшим испытаниям, и эти вновь окрепшие города снова забрали себе много владений и забыли о тяготеющих над ними имперских правах. Внезапно император вспомнил, что для крестового похода ему нужны деньги, много денег, и потребовал их из казны гордых городов, которые уже держались, как независимые республики.
Всего два года назад крестовому походу была оказана честная, но, к сожалению, провалившаяся поддержка в виде двух быстро сформированных флотов, потерпевших фиаско в завоеванном порту Думьят в августе 1221 года. Это сильно повредило престижу императора. Теперь он должен был более тщательно подготовить новый крестовый поход. В 1225 году Папа Гонорий, вновь выгнанный мятежными римлянами из Ватикана, на переговорах в Сан-Германо (Монте-Кассино) дал последнюю отсрочку до августа 1227 года под угрозой отлучения от церкви. Чтобы усилить личный интерес к делу овдовевшего в 1222 году Фридриха, была заключена помолвка с 14-ти летней Изабеллой фон Бриеннэ, дочерью и наследницей изгнанного короля Иерусалима, Иоганна фон Бриеннэ. Иерусалим, «центр» тогдашнего мира, произвел на Фридриха сильное впечатление. Была ли эта женитьба знамением будущего мирового господства? Для экономического и политического осуществления этих далеко идущих планов потребовалось всего два года.
Вопрос о власти в верхней Италии должен был быть поставлен на имперском сейме, созванном на Пасху 1226 года в дружественный Штауфену город Кремону. На повестке стояли: 1) восстановление имперских прав в Италии, 2) меры по уничтожению ереси (принявшей в некоторых итальянских городах характер «второй церкви») и 3) подготовка крестового похода.
Напуганные этой однозначной угрозой города, опасающиеся за свою свободу, восстановили старую Ломбардскую лигу с центром в Милане, несмотря на их сильную, но все же переоцененную Фридрихом конкуренцию. Их традиционные враги: Кремона, Модена, Павия, Парма, Пиза и Лукка встали на сторону Штауфена. Стало ясно, что нет никакой возможности мирного урегулирования всесторонних интересов, которое могло бы в будущем послужить созданию антипапской коалиции. Северо- и центральноитальянские города в отличии от немецких, управлялись аристократическими династиями. Зачастую это были «коллективные феодальные власти», живущие за счет своих ленников. Сложная оценка возникших отсюда социально-экономических отношений должна быть дана в более объемной научной биографии Фридриха.