Когда цинский специальный уполномоченный императора передал Цыси по телеграфу условия такого соглашения, вдовствующая императрица увидела в нем угрозу утраты Пекином «суверенитета» над Тибетом. Своим указом от 3 октября 1904 года она объявила: «Тибет принадлежит нашей династии на протяжении 200 лет. Он занимает просторную территорию, а его недра богаты полезными ископаемыми, на которые всегда зарились иностранцы. Совсем недавно на Тибет вторглись британские войска, и тибетцев принудили подписать с ними договор. Мы стали свидетелями зловещего события, и… нам следует предотвратить новый ущерб и исправить нынешнюю ситуацию». Она отправила своих представителей в Индию на переговоры с англичанами, чтобы объявить принцип, по которому Лондон должен согласовывать с Пекином свою политику в отношении Тибета. «Никаких уступок по поводу суверенитета», – наказала Цыси своим посланникам.
Англичане согласились заново обсудить условия соглашения по Тибету с представителями Цыси. Они подписали договор с Пекином в апреле 1906 года, по условиям которого британцы в целом (хотя и неоднозначно) признали Тибет территорией Китайской империи.
Цыси располагала сильной картой: бегством тринадцатого далай-ламы. Этот внешне симпатичный молодой человек, еще не достигший тридцати лет, одевавшийся в привычной для монахов манере, уехал на северо-восток и прибыл в Ургу (нынешний Улан-Батор) – столицу Внешней Монголии, в то время принадлежащей Цинской империи. Этот далай-лама считался духовным вождем монголов, а также тибетцев. Цыси незамедлительно отправила чиновников, чтобы они за ним присматривали, и приказала местным мандаринам о нем позаботиться. Вдовствующая императрица к тому же передала ему по телеграфу наилучшие пожелания в связи с многотрудным путешествием. Она попросила далай-ламу вернуться в Лхасу, как только из нее уйдут британцы, и снова взяться за управление Тибетом.
Возвращаться на Тибет этот тринадцатый далай-лама не спешил, зато попросил разрешения приехать в Пекин и познакомиться с вдовствующей императрицей. Все время его отсутствия Тибетом правил ханьский чиновник Чан Иньтан (но не в качестве специального уполномоченного императора, так как такой высокий пост китайцам ханьской народности не доверяли). Чан Иньтан попытался внедрить «реформы» с намерением сделать Тибет больше похожим на провинцию с ханьским населением. Он посетил Индию, где вел переговоры с англичанами, и видел, как они ведут там дело, а потом советовал властям в Пекине перенять британские методы: прислать крупный военный гарнизон, специальному посланнику императора присвоить звание генерал-губернатора, назначить администрацию, а также обращаться с далай-ламой и панчен-ламой как с индийскими махараджами, отобрав у них политическую власть и откупившись от них приличной суммой денег. Предложения Чан Иньтана Цыси одобрить отказалась. Получив сообщения о том, что его планы совсем не пользуются поддержкой среди тибетцев, она перевела его на другую должность и полностью провалила выполнение его программы. Похоже, что она понимала непреклонность тибетцев в своем стремлении к самоизоляции, и вдовствующая императрица пришла к такому умозаключению, что удержать Тибет в составе своей империи можно, только признав этот факт. Ее подход взял на вооружение далай-лама, считавший его наиболее подходящим для себя вариантом, поэтому он неоднократно напрашивался на встречу с вдовствующей императрицей, просто чтобы заключить соответствующий договор. В конечном счете Цыси послала приглашение, и 28 сентября 1908 года тринадцатый далай-лама прибыл в столицу Поднебесной.