Одновременно она занялась приведением в порядок дел империи. Наступил момент распорядиться судьбой императора Гуансюя. Прикованный недугами к постели и вроде бы находящийся на пороге смерти, он отказывался умирать и вполне мог протянуть еще долго, как это делал раньше. Если она уйдет в лучший мир, а он продолжит земной путь, империя сразу же окажется в руках ждущих своего часа японцев. Именно в силу таких размышлений Цыси приказала умертвить приемного сына, которого отравили. То, что император Гуансюй умер, приняв огромное количество мышьяка, окончательно установлено в 2008 году с помощью судебно-медицинской экспертизы его останков. Организовать его убийство никакого труда не составляло: так повелось, что Цыси каждый день посылала ему блюда в качестве знаков материнской любви. В 6:33 вечера 14 ноября императорские лекари объявили о кончине императора Гуансюя.
Его императрица Лунъюй не отходила от него до самого конца. Перед его кончиной они рыдали, обнявшись, а ведь без малого за двадцать лет брака обниматься им удавалось очень редко. Последние эти часы императрицу Лунъюй видели перебегающей с опухшими глазами между спальнями умирающего мужа и умирающей тещи. Император Гуансюй умер, и она обрядила его тело. По сложившейся при дворе традиции в рот почившему императору следовало вложить самую красивую жемчужину, чтобы он перешел с ней в следующий мир. Императрица Лунъюй хотела изъять жемчужину из короны императора, однако евнух остановил ее и сказал, что не располагает разрешением на это со стороны вдовствующей императрицы. Итак, императрица Лунъюй извлекла жемчужину из своей собственной короны и вложила ее в рот мертвого мужа.
Император Гуансюй, как заметил один из провинциальных лекарей, умер на кровати «совсем без украшений как у простолюдина». Какие-либо внешние портьеры вокруг нее отсутствовали, а подставку для ног, с которой он взбирался на кровать, покрывало одно только одеяло, а не положенный глазет. В его последние часы с императором находились лекари и придворные чиновники, но ни один высший советник проститься к нему не пришел. Его последние слова никто официально не записал. Верховный совет собрался у постели Цыси, пока Гуансюй лежал, умирая, и снова после того, как стало известно о его кончине, чтобы выслушать указания вдовствующей императрицы по поводу передачи престола. Цзайфэна, которого Цыси готовила к этой роли на протяжении лет, назначили регентом, а его двухлетнего сына Пуи, приходящегося внучатым племянником вдовствующей императрице, объявили преемником престола. С назначением этого ребенка императором на его отца возлагалась роль регента, а Цыси, со своей стороны, получала возможность оставаться у кормила власти до самого завершения ее земного пути. В ее указе совершенно ясно было обозначено: «Все ключевые вопросы политики буду решать я сама». Она решила держать бразды правления империей до последнего своего вздоха.
Цзайфэна нельзя было назвать безупречным выбором, но Цыси считала его лучшим вариантом, имевшимся в ее распоряжении. Она верила в то, что он не сдаст Китай на милость Японии, а также сумеет вести дело с представителями Запада в дружественной и достойной манере. Она прекрасно знала о присущих ему серьезных недостатках натуры. Однажды во время официального обеда в американском посольстве его спросили: «Что ваше высочество может сказать по поводу характера немцев и французов?» И он ответил так: «Народ в Берлине встает рано утром и отправляется по делам, а народ в Париже встает вечером и отправляется в театры». Он позволил себе откровенное повторение избитых высказываний.
Цыси угасала, но все еще у нее получалось следить за множеством дел, возникших после кончины монарха, в том числе за написанием официальной предсмертной воли императора Гуансюя, которую следовало объявить подданным империи. Эта воля должна была выражаться в установлении в Китае за девять лет конституционной монархии. Следовало объявить народу, что в этом состояло «неисполненное желание» императора и, если его исполнить, ему будет несказанно радостно пребывать в другом мире.
Пока она занималась то тем, то этим делом, постоянно думая о том, что убила своего приемного сына, прошла ночь. Ей пришлось прекратить работу около одиннадцати часов утра, так как над ней нависла смерть. Не прошло и трех часов, как она скончалась.