Конкурсная система и то значение, которое придавалось словесности, открывали доступ в центральную администрацию чиновникам средней руки, тем самым обеспечивая определенную социальную мобильность. Тем не менее в период, который историки называют «эпохой придворной аристократии», контроль над императорским домом и правительством перешел в руки влиятельных семейств кинайской знати. Приблизительно 20 семейств окружали императора, заключали браки с членами его рода и селились вокруг императорского дворца. Императоры пытались найти для своих сыновей и принцев место в правительстве вопреки влиятельным аристократическим фракциям, однако эти усилия редко оканчивались успехом. В конце концов род Фудзивара вытеснил все остальные знатные семейства и получил контроль над двором и домом императора с IX по конец XI в. Влиятельные и образованные аристократы монополизировали основные должности в империи и получили возможность влиять на престолонаследие.
Судьба дома Фудзивара проливает свет на логику межличностных связей и аристократических фракций в империи. Их власть опиралась не только на политическое превосходство, но также на территории и налоговые поступления. Эти механизмы играли первостепенную роль еще во времена государства Ямато в V–VI вв. Рождение «правового государства» и Японской империи в следующем столетии обеспечили стране централизованную институциональную базу и инструмент легитимации суверенной власти, не нарушая коренным образом фракционную логику, свойственную аристократическому миру. Семейство Фудзивара, получив контроль над императорским домом, продолжило кодификацию права, которое по-прежнему в значительной степени отражало характер публичной власти. В начале X в. они взяли на себя разработку последнего важного законодательного кодекса древней эпохи, который назывался «Установления годов Энги». Он должен был показать способность знатного рода утверждать закон вместо императора, оказавшегося на периферии управления государством.
В связи с этим в XI–XII вв. встал вопрос о соотношении сил в формировании клиентских сетей, организующих императорское окружение. Происхождение и родственные связи были важными критериями в получении значимых придворных должностей, что препятствовало созданию настоящей имперской бюрократии по китайскому образцу. Нельзя не вспомнить в этой связи о политических механизмах при каролингском дворе, где доступ к власти зависел от места человека в системе отношений, построенных на верности. Личные связи определяли структуру правительства, именно на них полагались имперские сановники при назначении более мелких чиновников. Последние вносились в подворные реестры сановников или назывались «домашними людьми» (
На этом этапе имперская система правления задала законодательные, правовые и протокольные рамки, необходимые для функционирования государственной власти, а также механизмы социального воспроизводства, позволившие влиятельным аристократическим родам монополизировать центральную власть и быть движущей силой культурной, экономической и религиозной жизни страны. Тем не менее вся система замыкалась на фигуре императора. Не участвуя в управлении государством, он олицетворял верховную власть, гарантирующую порядок в светской и духовной сферах.
Император никогда не становился второстепенным лицом. В конце XI в. семейство Фудзивара перестает влиять на передачу императорской власти посредством браков с правителями. Поскольку ни один другой аристократический род не был способен занять решающее положение при дворе, фигура императора, олицетворяющая преемственность высшей власти, вновь выдвигается на первый план. Во второй половине XII в. наступила «эпоха правления отрекшихся императоров» (