Тем не менее применительно к средневековому периоду уже нельзя говорить об императорской форме правления. Японские историки начала ХХ в., например Хара Кацуро, считали установление режима бакуфу в Камакуре переходным этапом на пути к Новому времени, который характеризовался дроблением государственной власти. Вдохновляясь европейской историографией, в поисках собственной исторической идентичности японские историки воспользовались западным термином «Средние века» (
Таким образом, Средние века воспринимаются как разрыв со старым укладом. Однако надо понимать, что речь не идет об отказе от древних или имперских идеалов. Это, скорее, новая актуализация древних ориентиров в изменившихся социополитических условиях, в которых ключевую роль играло военное сословие. Современники, такие как Дзиэн, настоятель тэндайского монастыря в XIII в., называли Средние века «эпохой воинов» (
Приход к власти сёгунов означал милитаризацию политического порядка в Японии. В 1191 г. по решению императора Го-Сиракава было закреплено право наследования титула сёгун. Центр власти сёгунов из клана Минамото, а затем их преемников из рода Ходзё располагался в городе Камакура. Эффективное управление государством осуществлялось с помощью «шатрового правительства» (бакуфу). В основе этого термина лежит противопоставление устройства военного лагеря структуре императорского дворца. Император продолжал жить в Киото, оставаясь символической фигурой, отстраненной от политической жизни архипелага. Отныне правительство бакуфу должно было управлять страной, следить за вассалами и вершить правосудие.
Императорская власть не могла исчезнуть, так как придавала законные основания власти и хранила традицию. Примечательно, что возрастала роль аристократов и даже императоров в написании сочинений о придворном этикете (так, император Дзюнтоку был автором «Cокровенных заметок о дворцовых обычаях»). После IX в. и в Средние века двор в Киото стал центром создания сочинений, посвященных обычаям и церемониям. Они имели первостепенное значение для социальных отношений и определяли жизнь аристократов не только в Киото, но также при дворах буси в провинциях. Тем не менее правила приличия по силе воздействия не могли сравниться с законами и применением силы.
Должность сёгуна, имевшего полномочия военачальника, в теории существовала по воле императора. Сёгуны второй половины XIII в. выбирались из принцев императорской фамилии. В свою очередь, сёгунат мог оказывать влияние на выбор наследника престола. Связь между двумя столицами, Киото и Камакурой, обеспечивалась присутствием военного наместника в императорском городе. В Киото сохранялось придворное правительство, однако его реальная политическая роль была в значительной степени утеряна и сведена к церемониальным функциям, что не мешало ему принимать активное участие в государственных делах. Имперское законодательство, проистекавшее из кодексов времен «правового государства», в XIII в. сменилось законами, основанными на военных правовых обычаях, которые в 1232 г. были объединены в законодательный сборник «Госэйбай сикимоку» («Список наказаний»).