Вместо того чтобы предпринимать неосуществимые попытки навязать свою власть вне архипелага, японцы сосредоточились на обороне прибрежных территорий от нападений из-за моря. На юго-западном берегу острова Кюсю с Древних времен находились береговые укрепления, построенные в VII в. для защиты от нападений со стороны империи Тан и корейского царства Силла. Спустя шесть столетий над Японией нависла новая угроза в лице монголов, захвативших Корею. Став частью континентальной Монгольской империи, Япония вошла бы в европейскую историю еще в XIII в. В то время Марко Поло, прибывший ко двору великого хана, впервые услышал об окраинной стране на Дальнем Востоке, изобилующей золотом и всевозможными богатствами. Быть может, за ними монголы отправляли свои флотилии на юго-запад Японии, в «Чипанго», как ее окрестил Марко Поло (от кит. «Жибэньго», «Страна восходящего солнца»; япон. «Нихон-коку»)? Торговые связи с архипелагом активизировались, принося все большую выгоду японским морякам и пиратам. Дважды монголы с помощью корейских и китайских кораблей пытались высадиться на Кюсю — в 1274 и 1281 гг. Оба вторжения обернулись провалом, унесшим жизни нескольких тысяч человек. Поражение монголов имело очень большое значение для японцев. Оно свидетельствовало не только о качестве береговых укреплений, поддерживаемых в должном состоянии правительством бакуфу и не позволивших врагу вторгнуться во внутренние районы страны, но также о способности сёгуната к сопротивлению. По-видимому, войско Кюсю оказалось более боеспособным, нежели неоднородная армия монголов, которым не удалось мобилизовать корейские силы. Режим бакуфу представил победу над монголами как знак Божественного покровительства и свидетельство своих успехов в западных провинциях, достаточно поздно признавших власть Камакуры. Тайфуны 1274 и 1281 гг. породили миф о «Божественном ветре» (
В итоге победа над монголами не оказала особого влияния на развитие Камакурского сёгуната и его отношения с императором в Киото. Перед правительством бакуфу стояли внутренние политические и территориальные задачи. Сёгунат должен был справляться с ростом центробежных сил. В первой трети XIV в. к требованиям непокорных вассалов добавилось недовольство императорского двора, вдохновленного устремлениями Го-Дайго. Харизматичный и амбициозный правитель считал, что император, будучи держателем Божественного мандата Аматэрасу и посредником между людьми и богами, должен вернуть свое законное место во главе административного аппарата. Го-Дайго удалось собрать коалицию из недовольных воинов, служителей культа и представителей аристократических семейств, испытывающих ностальгию по Древней Японии. В ходе военного переворота он одержал победу над сёгуном. Власть Камакуры пала — на три года сёгунат сменило имперское правительство. Однако Го-Дайго не сумел установить политическое равновесие, которое отвечало бы интересам как различных фракций воинов, так и придворной аристократии, поэтому вскоре имперская реставрация вылилась в гражданскую войну. Показательно, что средневековое общество уже не могло удовлетвориться возвращением к прошлому. Нужно было принимать в расчет силы на местах, которые не удавалось сдержать даже Камакурскому сёгунату.
Сёгунат не был уничтожен: дуалистическая власть, созданная в Камакуре, была восстановлена родом Асикага (1378–1573 гг.). На этот раз новая династия обосновалась неподалеку от императорского дворца в Киото. Сёгун Асикага Ёсимицу, в начале XIV в. нареченный китайцами «королем Японии», построил там знаменитый Золотой павильон. Хотели ли сёгуны затмить «отрекшихся» императоров? Как бы то ни было, несмотря на экономическое и культурное развитие Японии в позднее Средневековье, сёгунат Асикага был вовлечен в постоянные вооруженные конфликты. Наступила «Эпоха воюющих провинций» (