Свою следующую оперу, «Дон Жуан», Моцарт пишет уже для Праги, где она и была исполнена с колоссальным успехом в 1787 году. Именно Бондини, директор оперной труппы пражского театра, заказал эту оперу. Вероятно, Моцарт сам выбрал сюжет. Под именем «Don Giovanni» она начала свое триумфальное шествие по оперным театрам мира (премьера — в Праге 29 октября 1787-го). Тем не менее, никакие успехи в Праге не могли исправить «венский облом», тон которому задало снятие «Свадьбы Фигаро» и намеренный (искусственный) провал «Дон Жуана» в той же Вене (на рауте после спектакля на защиту оперы встал один Гайдн). Одно за другим блокируются или проваливаются другие сочинения Моцарта, а наиболее денежные его ученики переходят к другим педагогам. 1786-й и 1787 год стали фатальными, переломными в судьбе композитора. Он полностью раздавлен и обречен, растерзан интригами, преследованиями и просто мрачными обстоятельствами. В мае 1787-го умирает отец композитора, после кончины которого подавленность и уныние стали постоянными спутниками Моцарта. Сарказм, ирония и мрачный пессимизм живут в нем уже до самого конца его короткой жизни.
В 1789-м по настоянию и в сопровождении князя Лихновского Моцарт предпринял путешествие в Берлин и в Потсдам, играл перед Фридрихом Вильгельмом II, который предложил ему место первого капельмейстера с жалованьем в 3000 талеров в год. Но Моцарт был настолько привязан к Вене, что решительно отказался от лестного предложения прусского короля, хотя место это могло бы навсегда обеспечить его и вывести из трудного материального положения. Правда, по возвращении в Вену Моцарт получает место придворного композитора с жалованьем 800 флоринов в год, что дает ему возможность бросить мелкую заказную работу и заняться сочинением более крупных произведений.
Получение должности придворного композитора и капельмейстера императора Иосифа II уже ничего не решало, тем более что размер жалованья подчеркивал унизительность положения Моцарта. Загнанный в угол, он одалживает деньги у Михаэля Пухберга, члена той же масонской ложи, куда входит и сам. Не в состоянии вернуть крупную сумму денег князю Лихновскому, он сталкивается с судебным иском, который позже проигрывает. Поездка в Берлин, чтобы поправить финансовые дела, принесла только новые долги. Как и другие царствующие особы, прусский король Фридрих Вильгельм II не дал Моцарту места при дворе.
С 1789 года ухудшилось здоровье Констанцы, а потом и самого Вольфганга, был заложен дом и остальное имущество, готовое пойти с молотка. Год спустя, после кончины Иосифа II, Моцарт не уверен даже в том, что должность придворного композитора, с ее небольшим, но все же постоянным доходом, останется за ним. Он отправляется во Франкфурт, где проходила коронация императора Леопольда, за свой счет, надеясь быть на виду, не упустить момента. Однако исполнение его «Коронационного» клавирного концерта не принесло денег даже для покрытия расходов на поездку. Не поправила положения и новая опера «Cosi fan tutte» («Так поступают все»).
В Вене, прощаясь, Моцарт сказал Гайдну, отбывавшему в Лондон, и его лондонскому импресарио Залмону, что больше они не увидятся никогда. Провожая обоих, Моцарт плакал как ребенок и все повторял: «Мы больше не увидимся, нет». До смерти ему оставалось написать свои лучшие произведения: «Die Zauberflöte» («Волшебную флейту»), «Реквием» и несколько симфонических партитур.
В июле 1791 года перед отъездом в Чехию к композитору явился «серый посланец» с известием от анонимного заказчика (это был Антон Лайтгеб, управляющий графа Вальзегга-Штуппаха). От этого визита Моцарт пришел в неописуемое волнение. Вряд ли заказ «Реквиема» мог так потрясти композитора. Георг Ниссен, второй муж Констанцы, писал об этом так:
«Да, о странном появлении и заказе Неизвестного Моцарт выражал даже иные, весьма диковинные мысли, а когда его пытались отвлечь от них, он замолкал, так и оставаясь при своем». Первый биограф композитора Ф. Немечек приводит слова Моцарта неизвестному адресату на итальянском языке, вероятнее всего либреттисту Лоренцо да Понте в Триест: «…моя голова раскалывается, разговариваю с трудом и не могу отогнать от глаз образ неизвестного, постоянно вижу его перед собой, он меня умоляет, торопит, с нетерпением требует от меня работу. Продолжаю, потому что сочинение мне менее утомительно, нежели праздность. Впрочем, мне нечего опасаться. По всему чувствую: час пробил; я готов умереть; я кончил прежде, чем воспользовался своим талантом. Жизнь была столь прекрасна, карьера начиналась при столь счастливых предзнаменованиях, но изменить собственную судьбу нельзя. Никому не измерить своих дней, нужно смириться. Пусть будет то, чего желает провидение… Кончаю, передо мной моя погребальная песнь. Не могу оставить ее незавершенной».
Две последние фразы этого письма относились, разумеется, не к Реквиему, а к опере «Волшебная флейта»: «Марш жрецов» и «Увертюру» к спектаклю он закончил после возвращения из Праги, то есть к 28 сентября 1791 года.